大东站有2座出入口，设计元素则摆脱了橘线各站惯用的影子，1号出入口以一块不规则的圆弧钢棉被从天而降自然而然地软趴趴地覆盖在站体之上，没有盖到的部份，则全以玻璃透视，完全不影响主体的浪板。不过钢棉被的一角，圆弧弯曲而下的模样，有几分高铁新竹站的神貌。2号出入口在1号的对面，规模小了一些，不规模的浪板变成了「ˇ」形，斜面较长的一端为出入口通道，颜色虽然只选用了灰、白、黑，柔美的造形，无形间也化解了冷色调的刻板印象。
大东站站体不但「深」，而且距离出入口也「长」。所谓「深」，是下楼的过程需转折2次，所谓「长」，是2号出入口需先穿越长长的地下通道。这段地下通道的两旁，设有商店街的空间。
大东站的站内配置较为特殊，因为大东站采叠式月台，穿堂大厅的设计不完全在月台上方，往大寮的月台与穿堂层属同一层，验票阐门外就能看见穿梭的捷运列车，不过从阐口至候车处，仍需穿越1小段的连通道，方能抵达月台。
所谓叠式月台，就是候车月台分为上下2层，当然捷运轨道也分为2层，上层是东行往大寮方向，下层是西行往西子湾方向，2层之间有长长的电扶梯连接，动线虽然复杂，但标示非常清楚。
大东站因刚好在弯曲线上，所以月台层有1个弯曲的幅度，整体来说这道弧并不算大，视觉感受不算强烈。上层往东行大寮的月台，空间较小，候车处的另一面是完整的墙面，较有「侧式」的感觉；下层往西行西子湾的月台，则出现了美丽岛的「列柱」。