月台形式：高架二层侧式月台
代表颜色：橘红
车站主题：花语
港墘站与西湖站南侧均为内湖高科技园区，北侧则属住宅区，两个区块以内湖路为界，形成两个截然不同的世界。
港墘站所经的内湖路，路段较宽，设有2座出入口，1号出入口将联开共构18层的商办住宅大楼。目前大楼尚未开工，出入口须预留工程结构，为了安全起见均以围篱相隔。但这围篱并非印象中的绿色铁皮，而是在木墙上绘上许多童童风格的小画作，画作内容以城市轨迹为主题，表现出城市生活的片刻印象。其中最大的一幅为基隆河边港墘地区的城市缩影，一艘船正驶向当年的港墘码头，只是码头早已消失在历史的尘土中。
墙面旁的周边，另有许多相同风格的雕像，这些可爱的雕像，以锈铁为材，是特别的公共艺术。但墙上的壁画，将会在大楼完工後拆除。
站内的大厅层与往南软园区方向的第2月台同属一平面，验票阐门一进去就能直接上车，但要到第1月台往动物园方向，需跨越天桥到对面，这样的设计是标准的文湖线侧式月台设计，动线也和台铁平面式火车站相同。