美丽岛最着名的是4座名为「祈祷」的玻璃高塔，由日本建筑师高松伸设计，以玻璃帷幕及钢桁组成，弧形的玻璃一块块慢慢地以爪子锁在桁架上，只能以慢工出细活的工法逐一拼贴而成，所以红线通车时，美丽岛站却来不及完工，原因就在於这些高难度的站体。
循高塔的入口而下，则是水仙大师气派的作品「光之穹顶」。来到捷运美丽岛站，彷佛来到1座艺术的宫殿。光之穹顶位於以前的大圆环底下，顺着圆环的轮廓，2座粗状的光柱撑起浑圆的穹顶，穹顶本身渲染了水仙大师亲手所绘的玻璃艺术，透过光线的代言，任何1台两光相机，也能拍得美美的。
为了配合这座艺术壂堂，站内所有标示也经过特别设计，尤其是光之穹顶四周的指标，原先是贴在玻璃上，却造成辨识不易的问题，後来便改玻璃上方的黑色层。
除了光之穹顶，以及双手合掌的玻璃帷幕，美丽岛站各连通空间，也独到精心地陪衬着，例如橘线轨道上方是穿堂通道，两旁的柱子，全嵌以大面积橘色壁中灯，一道道的灯柱列队迎宾，非常气派。
美丽岛站虽是红橘两线的转乘站，严格来说它以橘线为主，红线的动线便需配合橘线。红线设有岛式月台1座，为了方便转乘，橘线月台改为侧式，成为高捷地下车站唯二的侧式月台。