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壹、台湾的自然环境
台湾地区气候温暖，雨量充沛。因为受到地壳板块运动、强烈风化侵蚀作用及早期冰河作用影响，全岛山峦绵亘，溪谷纵横，垂直高差将近4,000公尺，各类地形齐备，景观互异，孕育丰富庞杂之动植物资源。并得保留有冰河时期孑遗物种，发展出多样化的生态环境。兼以四面环海，沿海地区蕴育多样之生态环境，提供众多候鸟及海洋生物栖息场所。
丰富的生物多样性与高比例的特有种与亚种是台湾的生物资源特色。在野生植物资源方面，维管束植物有四千多种，其中约1/4为台湾所特有，苔藓植物约1,500种，真菌类有5,000种；动物资源概估有15万种，已发现哺乳动物约70种、鸟类约500种、爬虫类近100种、两栖类34种、鱼类约2,500种、已命名昆虫有18,000种。生物物种的数目随着调查研究的新发现尚陆续增加中。
在复杂的地理、气候等自然因素影响下，造就了台湾多样性的生态环境，如海洋、岛屿、河口、沼泽、湖泊、溪流、森林及农田等。每一个生态系均孕育着丰富的物种与遗传资源。就海岸地区而言，海岸线长达1,600公里，由於地理条件不同，形成了珊瑚礁、岩岸、沙岸、泥岸及红树林等多样性的海岸环境及生态系，孕育了丰富且多样的野生动植物及微生物资源。
台湾地区面积仅约36,000平方公里，却孕育如此丰富的自然资源，值得好好珍惜和保护，使青山常在、绿水长流，并透过自然资源永续经营，留给後代子孙一片乐土。惟近数十年来经济快速成长、人口增加，自然资源因过度开发利用，导致生态环境遭受严重破坏，不仅有水质、空气、土壤、噪音及废弃物等污染问题，海岸、河口、河川地以及山坡地亦遭大量开辟使用，使水土流失、野生动物被滥捕与毒杀、原生珍稀动植物濒临绝种及其栖地遭受破坏等问题日趋严重。为此，健全自然资源保育与经营管理，维护生态系稳定，以维护生活环境品质，实为台湾谋求永续发展的重要课题。保护自然的最佳途径之一，为划设各类保护区并加强经营管理，使人类与物种得在适宜的自然环境里，健康的生存与繁衍。
贰、台湾的自然保育政策现况
自1970年代以来，台湾在环境保护、生态保育及景观保存的思考和行动方面，已有相当经验；自然保育的议题也一直是综合式跨科际的政治社会场域，持续扮演相当重要的角色。依据2004年「台湾二十一世纪议程国家永续发展愿景与策略纲领」，自然保育方面的政策及行动纲领划分为下述6项策略：
一、保护大气
1. 加强大气科学研究、气象观测及再生能源开发技术。
2. 保护森林植被净化空气的功能，加强平地造林。
3.励行绿地政策，保留开放空间，设置环保林园大道，建立都会区绿蔽率资料库。
4.加强环境教育，建立环境、生态基线资料，以了解温室效应对台湾环境及生态的影响。
5.修订能源政策，调整产业结构，以降低空气污染。
6.遵守国际环保公约，配合蒙特娄议定书及京都议定书，推动跨国温室气体共同减量以保护大气。
7.持续拓展国际管道，扩大非政府组织参与公约缔约国会议，了解多边环境协定与世界贸易组织之关连。
二、保护水资源
1.防制水污染，宣导、教育、执法并重。
2.严格管理上游集水区，维护森林，确保水质水量。
3.加强土地利用管理、森林保育经营、水土保持、污染防治等，以达成集水区水源水质保护。
4.推动全面地下水资源调查与监测，制订地下水管理办法，订定有效罚则以协助落实管理办法。需要积极并切实地管理全岛之地下水抽取行为，而非仅在地层下陷区进行管理。
5.普及污水下水道，阻截污染水源。
6.建立节流与开源并重的水资源政策，加强用水管理、废污水回收再利用。
三、保护生物多样性
1.积极执行「生物多样性推动方案」，加强督导「野生动物重要栖息环境」、「野生动物保护区」之经营管理；加强入侵种防治。
2.整合自然及生态环境保育主管单位之事权，提升其层级，加重权责。
3.评估现有保护区的实际功能，建立保护区系统，并排定保护之优先顺序将自然保育与永续利用，纳入国家经济建设与国土规画。
4.复育已遭破坏或劣化之既有自然环境资源。
5.加强生态工法之推广，落实公共建设兼顾生态环境保护之目标，以确保并维护生物多样性的环境。
四、保护海洋及海岸湿地
1.整合海洋管理体制，建立海洋及海岸监测系统。
2.办理海岸地区整体规画，研拟海岸保护与防护计画。
3.建置海岸环境监测系统及资料库建置计画。
4.积极研拟海岸防灾整体计画。
5.研订海洋生物资源利用与技术发展研究。
6.保护海岸地区河口、沙丘、红树林、珊瑚礁及人文史蹟等资源。并设置海岸、海洋保护区。
7.通盘检讨「台湾沿海地区自然环境保护计画」，拟订「台湾地区海岸整体管理计画」，透过海岸分区之规画，依使用分区特性加以管理，并确立海岸发展方针与管理原则。
8.实施「保护海洋环境免於陆源活动污染全球行动纲领」，从而有效减少、防止及控制废弃物、污染以及与健康有关的重大影响。2006年前，针对此项全球行动计画制定我国之行动计画，并落实实施。
五、保护土地资源
1.办理全国自然环境资源调查，充实及适时更新国土资讯系统。
2.健全国土调查机关组织，研订全国自然环境资源调查长程计画。
3.研拟及推动国土复育策略方案及国土复育条例，以保育为原则从严管理山坡地、河川区域及海岸地区之开发；并推动国土复育计画，积极复育环境严重退化地区。
4.加速研订国土计画，健全管理地方自然与文化遗产。
5.推动乡村计画，维护乡村特质。
6.加强土地利用监测机制，建立利用卫星遥测及航空照片之监测制度。
7.研订国家袭（遗）产保育方案，促进古蹟遗址之再利用及维护，善用文化资产。
六、防治自然灾害
1.实施国土城乡防灾纲要计画。
2.加强防灾教育、宣传，深化全民防灾意识，落实防灾措施，建立耐灾社会。
3.持续蒐集防灾资料，建置防灾资料库，推动防救灾科技研究，发展减灾、抗灾、救灾的新技术。
4.加强山坡地社区维护管理，整合相关法令并改进审议时间。
5.检讨地层下陷区土地利用问题，就国土保育观点，研议合理利用方式。
台湾的国土计画、区域计画、都市计画、国家公园计画、森林经营计画、生物多样性推动方案与行动计画、水资源保护计画、水源保护计画、水土保持计画等，都已包括自然保育和划设各类保护区。上述议题的内容皆与地理科学研究范畴密切相关，尤其以划设各类保护区的作法更属土地利用的课题。
参、保护区经营管理现况
一、保议区的经营管理
台湾地区的自然保育工作在中央分别由行政院文化建设委员会（文建会）、农业委员会（农委会）、环境保护署（环保署）、内政部、经济部、交通部等有关机关依据各该主管之现有法规办理。据行政院研究发展考核委员会编印的「我国环境保护组织体系及权责统一规画之研究」（1990年），我国的自然保育行政组织与职掌如表1。
其中，以自然保育为目的划设自然保留区、野生动物保护区及野生动物重要栖息环境、国有林自然保护区及国家公园等的中央主管机关是农委会与内政部。
1982年「文化资产保存法」公告施行，1984年农委会改组成立（合并原经济部农业司与农业复兴委员会），自然保育业务交由农委会接办。1989年公布「野生动物保育」法，作为保护野生动物的法律依据。在行政架构上，也建立了中央、省（市）政府及县（市）政府之系统，完成自然保育行政体系。自1982年5月26日公布「文化资产保存法」至2006年止，依据该法先後公布了19处自然保留区。
农委会是现阶段我国自然保育的最重要机关，主管全国农、林、渔、牧及粮食行政事务。根据该会组织条例，直接和自然保育密切相关的是林业处下设的森林科和保育科。前者的业务涵盖「森林法」相关的内容以及与其他机构间有关林业事项之协调及策画；後者的业务包括自然文化景观及野生动植物之保育、维护、宣扬等的策画推动及审核督导。目前，农委会已将森林和保育等业务并入林务局。
农委会设有「自然文化景观审议小组」，负责审议有关自然文化景观调查、规画、实施计画、维护、保育、宣扬暨审查指定或解除等事项，成员由农委会、内政部、教育部、经济部、交通部、卫生署、环保署、经济建设委员会和文建会等指派高级主管组成。该小组之下，另遴聘学者专家10人，成立技术小组，审议技术性事项。
农委会有监於依「文化资产保存法」划设的自然保留区严格禁止非法进入，影响民众权益重大，常滋生争议，所以不再轻易使用「文化资产保存法」划设自然保留区；改依「野生动物保育法」划设较多的野生动物保护区及重要栖地。2005年修订的新版「文化资产保存法」中，已排除野生动物相关的条文；相对地，增了自然地景和人文景观的条文。
二、保护区划设概况
台湾以自然保育为目的划设的保护区可区分为自然保留区、野生动物保护区及野生动物重要栖息环境、国家公园、自然保护区4种类型。依据农委会林务局至2006年6月19日止的统计资料，自然保留区有19处，是农委会依「文化资产保存法」划定公告的，总面积约64,477公顷；野生动物重要栖息环境是农委会依「野生动物保育法」划定公告，计有32处，总面积达322,267公顷；野生动物保护区则是地方政府在野生动物重要栖息环境中认为有特别保护必要者，拟订划定范围和保育计画，经农委会核定後，由地方政府公告执行。野生动物保护区有17处，总面积达25,819公顷；国家公园有7处，是内政部依「国家公园法」划定公告，总面积约676,472公顷；自然保护区有6处，是农委会林务局依「森林法」经营管理国有林之需要及「台湾省国有林自然保护区设置管理办法」而划设，总面积约21,171公顷。至2006年6月19日止，总计各类型保护区扣除范围重复及海域部分後，总面积约为687,415公顷，约占台湾陆域面积19％（表2）。
三、保护区的管理问题
依据近年的研究， 概括国内自然保护区管理上的问题包括：
1.完整性不足，未能涵盖世界保育联盟（The World Conservation Union）指出的主要类别；
2.缺乏联贯性，孤立且无系统性；
3.规模太小，欠缺整合能力，角色无足轻重；
4.技术不成熟，未能与民间团体、学术团体建立合作关系；
5.草根性不足，地方参与薄弱，观念落差大。
总之，相关研究指出，各型保护（留）区因法源依据、管理权责单位不同，而有不同经营管理措施。而即使同一类型保护（留）区，在面临区位环境、面积、保护对象差异及管理单位配合条件等限制因素下，各保护区执行成效落差极大，或有循法窒碍难行，或因外在人为压力、内部管理不善问题，例如人力缺乏、人员训练不足及取缔权责未明等，这些都造成自然保护区划设及管理上诸多问题。
肆、他山之石与未来展望
1998年初，世界保育联盟保护区委员会（World Commission on Protected Areas , WCPA）出版了《保护区的国家系统规划》一书，清楚说明保护区系统规画的重要性，也提出了办理全国性系统规画的原则性指导，提供权益相关团体（stakeholders）和决策者参考，作为保护区国家系统规划的指南。
这一份指南强调保护区的设立和经营管理需要有一个涵盖各类保护区的全国性系统规画。这些单独类别的保护区各有不同的设立目标，而且不同类别之间似乎没有展现出明显的关系，因此国土计画、区域计画、都市计画，以及各部门计画中都显得无足轻重。
为了展现各类保护区和其它土地利用之间的关系，及与经建、交通、教育、社会、环保等其它部门的关系，甚至彼此之间的关系，进而确立它们在国土永续发展上的角色，一个全国性的保护区国家系统规画是需要的。这项系统规画应可说明保护区与经济发展的多重关系，以及各相关团体如何互动、互助，以及如何共同支持一个有效且永续的保护区系统。
依据IUCN的定义，保护区是：「为了致力於保护及维持生物多样性、自然与相关文化资产等，而特别划设、并依法律或其它有效方法管理的陆域或海域地区。」该联盟出版的《 保护区管理类别指南 》（1994年）列出了6类保护区管理类别（表3）。
这六个类别的保护区分别强调不同的经营管理目标（表4）。如果善用六大类保护区，那麽保护区的角色多元化了，而且与人们的生活、生产有了共存共荣的空间。
IUCN（1998年）的手册《保护区的国家系统规划》提出了规画全国性保护区系统的焦点问题，但并未列出作业准则或步骤。这是因为各国国情不同，实难有统一的步骤或准则。然而，藉由思考可能存在的各种问题之後，各个国家也不难拟定该国的实施计画（表5）。
除了依法划设的自然保护区外，行政院文化建设委员会於2002年选定12处世界遗产潜力点、行政院农委会曾推动地质公园计画。此外，2005年修订的「文化资产保存法」，包含自然地景和文化景观两个项目，则是有待发展的保护区。
自然生态保育不分国界，关系全人类生存环境之维护及生态系之稳定平衡。台湾自然保育工作在既定政策及法令下，除了继续加强推动，并应适应国际保育趋势，加强教育宣导，提昇保育观念，更积极地推动生物多样性保育、野生动植物栖地保育及地景保育；并积极参与各项国际保育活动，建立国际联系管道，以善尽国际社会一分子之责任。
参考资料