1989 年，台北车站地下化竣工，配合台北现代化的意象，万华车站也有幸获得第一次改建，全白色的站体，挑高的大厅及玻璃维幕，虽维持着台铁传统车站的格局，但是设计风格就算是套用在今日，也不失落伍。但只用11年，就因为万华站地下化再度改建而拆除。现在地下化後的万华车站，位於康定路与艋舺大道交叉路口，站体以康定路为轴线，分为东、西两座站房，两座站房的外观和设计几乎一模一样，大门均面对康定路。
目前万华车站东、西两个站体的空间规划，西站体以客运业务为主，货运业务则集中在东站体，所以旅客大厅、售票处、剪票入口以及7-11均位於西站体，东站体仅保留一座旅客出站口，其余则作为行包及货运空间。所以东站体大门深锁，也不见「万华车站」的招牌，办理货运业务时，需由旁边的侧门进出。
西站体内，售票大厅基调为棕色系的花岗岩砖，质感算得上高雅，但采光不佳，室内只有少数几盏灯光是开着的，略显昏暗。
万华车站月台配置较为特别，是一座岛式和一侧式月台，通常新建的车站，多以两座岛式月台为标准，万华车站却是更传统的一岛一侧。北上列车均停靠侧式的第一月台，南下则多在2B月台，中间的2A月台做为弹性使用。除了北上、南下的列车停靠外，过站列车、待避线，或者是行包者缷货也多在2A月台作业。