- 林圣钦等撰述，《台湾地名辞书卷七：台南县》，南投市：国史馆台湾文献馆，2002。
- 黄文博，《南瀛地名志》，新营：台南县文化局，1998。
雍正11年（1733）漳州人陈教奉三山国王来台，在蚶寮山仔捕鱼养蚶维生，并在乾隆年间於聚落东南方围鱼塭养鱼，塭名合记鱼塭（俗称猫耳鱼塭），为此地开垦鱼塭之始。陈教之长子文通生有五子，此五人即为顶山仔人所谓的陈姓五房祖。文通死後合记鱼塭已达百余甲，遗留五子均分。
清道光3年（1823）暴风雨曾文溪改道，鱼塭流失，蚶寮山仔周围浅海地区陆浮，但土地盐份仍重，无法辟为农田；又子孙繁衍众多，土地赡养力渐低落，部分居民遂南移至下山仔寮及中寮，蚶寮山仔因位在下山仔寮之北（顶头），又名顶山仔寮。故此3庄有浓厚的兄弟情谊。
鱼塭流失後，居民胼手胝足重新围筑鱼塭，养殖虱目鱼，居民主要的经济活动由渔捞转变为养殖。此後顶山村一直为台湾西南沿海最重要的虱目鱼养殖区，由於顶山仔虱目鱼肉质肥美，日治时期还曾被列为契作，战後有台南县的生产中心在北门区，北门区的生产中心在七股乡，七股乡的生产中心在顶山村，顶山村的生产中心在陈姓一族之说。
日昭和13年（1938）南日本制盐株式会社徵收本村周围约五百甲渔塭，改为盐田。除了少数富有者挟资本移出，或承租未变动之鱼塭继续经营外，其余庄民均承揽盐田，主要经济活动由养殖业转变为盐业。
近几年来随着盐业的没落，年轻一辈的中壮年人口陆续往外移居到城市以求发展。村子里的人口组成以老人和小孩居多，房舍建筑在形式上也以平房为主，楼房的兴建仍不算多数。村庄外围则有五座土仑具有历史意义，据传当年设置乃为风水之考量。
顶山仔聚落的信仰中心为代天府，创於清光绪18年（1892），初名保兴宫，主祀五王千岁，天上圣母，池府千岁。庄民向外移垦时，下山仔寮分得池府千岁，中寮分得天上圣母，顶山仔留下开基神五王千岁。民国63~65年重建，改名代天府。庙南则有一王船阁，但仅有祀船现象，无王醮或王船祭典。民国76年以後参与（佳里金唐殿主办）遶境活动，王船安置於铁牛车上，随香阵出巡，这也成为今日王船全貌，堪称一大特色。庄内另有三山国王庙，奉祀陈姓开基神三山国王。
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