高雄国际机场站设有7座出入口，每座设计都不太相同，但拥有相同的绿色主色。1号出入口的圆桶电梯，以及洗石子墙 面和草绿主色、碧绿玻璃和後方绿树如荫的高雄公园自然地融为一体；4号出入口为紧急出口改建，因此楼梯较为狭窄。2号出入口在国内航厦公车转运站旁，上方有高架桥的天然雨庇，搭配周边灰暗阴冷的色调，以大量金属、玻璃材料构成一个平面，站名牌为灰白色的光柱，并以红色点缀。通往国际航厦的6号出口，营造高调气派的氛围，4座升降式电梯一字排开，迎接着出国民众，非常壮观。
高雄国际机场捷运站内，最着名的就是它的琉璃墙「凝聚的绿宝石」，经过大师的巧思，将生冷坚硬的玻璃，化为柔软如行云流水般的水面。
站内设计，高雄国际机场站采用了天井设计，将地下层的屋顶直接沿伸到地面，让太阳光直接进入地下的穿堂层。地下2楼的月台层，设有岛式月台1座，天花板全为白色珐琅板，样式简单而清爽。