在祭祖方面，以宗庙、家庙或祠堂为代表，各地望族在人口达到一定数目时，即选择吉地或发迹之所，鸠合族人之力建造家庙以光大门楣。例如台南的陈德聚堂、台北陈德星堂、台中林氏宗祠及新竹郑氏家庙等，家庙的建筑一般以两殿为多，正殿供奉列祖列宗牌位，每年定时举行祭祖大典。建筑用色以黑色居多，民间俚谚「红宫乌祖厝」指出祖庙梁柱多漆黑色。匾额联对多以「慎终追远」、「燕翼贻谋」、「桂馥兰馨」或「竹苞松茂」来形容。
在祭祀先圣先贤方面，以文庙、武庙为代表。文庙在清代属官方祭祀系统，县、厅及府治皆建孔庙，现存者如台南孔庙、彰化孔庙、新竹孔庙。其建筑格局大体包括万仞宫墙照壁、半月池、礼门、义路、棂星门、仪门、大成殿、崇圣祠与东西庑。殿中高悬皇帝所赐之匾，而且柱身不书对联，门板不画门神，以示对孔子之尊重。
武庙有官祀及民祀之别，前者如台南祀典武庙，而大多数民间所建关帝庙多转为商业功能。台南祀典武庙始建於郑氏时期（约1665年），清代多次重修，平面狭长，具备前殿、拜亭、正殿与後殿，但缺左右护室。民间所建关帝庙多附有左右护室，供庙祝及事务之用，反映其世俗特性。另外，开拓先贤如开漳圣王、灵安尊王之庙宇数量非常多，显示漳、泉、客之移民史实。屏东内埔的昌黎祠供奉唐代韩愈，为潮汕移民入台之见证。供奉地方节孝妇女的祠堂，尚有彰化节孝祠保存下来，祠为两殿式，正殿供奉台湾中部的节孝妇女近三百人之牌位。至於名宦祠、乡贤祠常附建於文庙之内。
以庙为名数量最多的是道教及民间信仰，例如上帝庙（真武庙）、太子庙、元帅庙及大道公庙等。民间信仰以天后庙、龙王庙、城隍庙、福德庙及王爷庙最普遍。这些庙宇的神只与民间百姓生活息息相关，祈福求财或求平安，各司所职。建筑的格局有大至三殿者，也有小如乡间土地公庙。建筑物之装饰倾向於精雕细琢，包括石龙柱、石狮、花鸟垛、麒麟垛及御路等，屋顶上装饰剪黏、交趾陶，梁枋布满彩画，成为民间匠师竞艺之所。
台湾庙宇从清代经日治时期，建筑规模有日益扩大的趋势，所供奉神明从单神变为多神，因此庙内神龛林立，儒、释、道神明合祀於同一庙，建筑平面扩大，殿堂亦增高。台北县三峡镇的清水祖师庙历经数十年之改建，用材极精，雕刻水准亦高，为台湾庙宇创下一个典范。
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