1858年（咸丰8年）「天津条约」之後，基督教再度来台。1865年（同治4年），英国长老教会宣教师马雅各（James Laidlaw Maxwell）抵台，在打狗（今高雄）旗津、台南府城传教，建造初期的教堂。这种教堂大部分是以民宅改建而成，形式相当简单。1872年，加拿大宣教士马偕（George Leslie Mackay）抵达台北淡水，初期亦租用民宅作为教堂，不久即在五股、和尚洲（今芦洲）、南港的三重埔、新店、大龙峒、锡口（今台北市松山区）、三角涌（今三峡）及金包里等地建立教堂，可惜这些教堂无一保存下来，因为清法战争时，教堂大多被暴民所焚毁。战後，刘铭传巡抚因马偕救治伤兵有功，而予以墨西哥银元一万元赔偿，马偕遂利用这些赔款重建7座教堂，都由马偕自己设计。
「赔偿教堂」之建筑颇具特色，屋脊两端突出小尖顶，入口处树立高耸的五级尖塔，有如钟楼，每级饰以有意义的图案。例如，底层的大门象徵宣教师到外国传教；二级有海洋及太阳，象徵到遥远的东方；三级有全球地图；四级有二个尖拱窗，表示台湾南北两教会；五级则为尖拱顶，象徵通往天庭。但是，之後大多已遭改建。
继马偕之後，同样来自加拿大的宣教师吴威廉（William Gauld），则对北部基督教长老教会的发展做出很大的贡献。吴威廉擅长建筑设计，因此有许多学校与教堂皆出自其手，其中1912年（大正元年）设计的北投教会至今犹存，是以红砖及木屋架构成的，风格接近英式乡村教堂，可说是北部长老教会现存最古老的教堂。另外，由他所设计的还有宜兰、新竹、基隆及凤林等教堂，可惜之後皆遭改建，不复原貌。吴威廉所设计的教堂造型变化较多，多采日治时期由台湾炼瓦会社所生产、附有「TR」标记的红砖，屋架则用木桁架。1923年吴威廉逝世於台北，埋葬於淡水外侨墓园，因此1932年（昭和7年）淡水教会重建时，设计的重任便由马偕的儿子承接，而这座红砖的仿哥德式教堂，其室内已经使用钢桁架了，外墙之砖工相当精细，砌出变化有序的壁面，左手边之钟塔直通天际，宛如祷告的手。目前该教会仍保存那座百年古钟和一部1908年的YAMAHA古风琴。
除了长老教会的教堂外，日本基督教会在台湾也建造了一些教堂，例如台北幸町教会（今中山南路济南教会）便是由日本建筑技师井手薰所设计，1916年（大正5年）落成，是一座以唭哩岸石与红砖混合建造而成的精美教堂，相当具有历史文化与艺术的价值。
至於在台湾中南部，其教堂建筑也呈现多样性的发展，例如彰化在1908年（明治41年）由兰大卫（David Landsborough）牧师所建造的一些教堂，便采中西合璧式，教堂用木、砖混合构造，屋架用木桁架，屋顶则铺台湾瓦或日式瓦。此外，台中市的柳原长老教堂则建於1917年，是台中市最早的一所教会，其建筑带有浓厚的哥德式及巴洛克式的建筑色彩，正面有巨大的三角山墙，侧面凸出扶壁，砖工极其优美，至今犹保存完整。
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英文关键字Leslie Mackay , William Gauld , David Landsborough