澎湖群岛位居台湾、厦门之间，是两地船只往来必经之据点，而船只大多从西屿外垵海域进入澎湖，澎湖最危险海域之一的「西流」，就位於外垵村外围，因为由南往北的潮流凶猛险恶，导致海难频传。1778年（乾隆43年），台湾府知府於渔翁岛外垵高地上兴建石塔，塔高7层，塔身由花岗石砌成，夜间塔顶以铁锅盛油、棉纱灯蕊点火，藉此照明，以保行舟之安全。後因风灾，加上石塔老旧，遂将原塔灯拆除，另建新式灯塔，在1875年（光绪元年）完工，此即今日所见的渔翁岛灯塔。
最早灯塔装有四等旋转透镜，使用双蕊煤油灯，每30秒闪白光二次，现将光源改为交流电，烛光数为80万烛光，光照距离20.5里，塔高离水面60.7公尺。灯塔於战後归财政部关税总局管辖，因有其历史与建筑保存的重要性，於1987年4月由内政部公告为国家二级古蹟。位於军事管制区的灯塔早期并不开放，後因民意所趋，於1992年元月正式对外开放，从此成为澎湖的重要观光景点。