遗址为1991年2月黄士强等人在执行台湾地区重要考古遗址调查初步评估第一阶段研究计画时调查所发现（宋文薰等1992），之後又於1992年再次调查此一遗址。1994年臧振华等人执行「台闽地区考古遗址普查研究计画（第二年）」，於台南县市调查时，再次调查此遗址。调查结果显示，因附近铁路及圣功女中之修建，使遗址破坏大半，遗址的保存状况不佳，仅残存一小部分。其中以圣功女中操场西侧外小径之贝塚，遗物分布较为密集。以采集之贝壳进行碳十四年代定年的结果显示，校正後的年代为距今2,139B.P.年（宋文薰等1992）。采集的文化遗留主要有黄橙色夹砂陶，器表有敷泥制作，灰胎可见细砂，以素面为主。由於仅采集到腹片，因此陶器之器形不明；除此之外，另有采集贝壳及兽骨。从碳十四年代结果显示，圣功女中遗址之年代相当於台湾南部地区大湖文化年代之范畴，推测遗址年代与文化为距今3,000-2,500B.P.左右之大湖文化。唯台闽地区考古普查计画之调查结果显示，圣功女中遗址之文化内涵与南部地区其他遗址之大湖文化仍有不同之处，还有待进一步了解其文化内涵（臧振华等1994）。
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