清乾隆42年(1777)，台湾知府蒋元枢加以大规模修建，後直接冠称为「开元寺」。清嘉庆元年(1796)，为祝嘉庆帝登基，遂取「圣天子缓靖海疆至意」，更赐名为「海靖寺」。
1895年台湾割日，开元寺经日据至光复後，庙宇也陆续添建修整，已有三百多年历史的开元寺，目前是台湾最早创立的官方寺院，也是台南市规模最大的佛寺，已被国家列为二级古蹟。
开元寺的建筑形制，是台湾佛寺中殊属少见的「伽蓝七堂」规制，主体为三殿式的建筑，由山门、弥勒殿、大雄宝殿、大士殿依次排列而成，并有南北配殿，即左右厢房，後有钟鼓楼和法堂，行制相当完备。开元寺主祀弥勒佛，左右配祀四大天王。正殿为大雄宝殿，供奉释迦牟尼佛，左侧旁祀延平郡王郑成功夫妇神位。左右分立文昌帝君殿及东岳殿，而後殿为大士殿，供奉千手观音菩萨。
开元寺是全台历史悠久的古刹名寺，寺内古物遗迹也极为众多，如寺中有高七十公分，直径一百零五公分，重一千六百斤的古钟，上铸「康熙三十四年」（1965年），铭记着志中法师的出关偈︰「独坐钉关给善缘，募钟立愿利人天；一声击出无边界，同种功德亿万年」，是台湾年代最古的铜钟。另外寺庙内有一口为明永历年间开凿的「郑经井」，据传郑经起居用水均取自此。井前方还有一支白色大海螺化石，为当年凿井时所掘出的，被尊为镇寺之宝。
除此之外，大士殿内还挂有嘉庆元年台湾镇总兵哈当阿所题的「三宝殿」、「弹指优昙」、「不二法门」三匾。以及七弦竹及「诗魂」碑等其他景物，都极具历史价值。
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