吴家古厝的开基祖为吴寿，於明朝永历7年（西元1653年）从福建省漳州府南靖县後田乡蕉山脚十八都渡海来台湾，时年14岁（一说17岁），尚比郑成功要早十年来台，之後便定居於弥罗港（今弥陀）。吴寿的弟弟又与其他陈、蔡、李、张、易、高、林等姓的百姓相继来弥陀开垦定居，聚集的村落日渐繁荣，於是人人都以大公、小公来称呼吴寿和他的弟弟。之後吴家日渐富有，因此到了第三代，便兴建这座吴家古厝。
吴家古厝保留许多传统四合院独特的建筑景观，如厅堂屋脊上是向上扬起、尾端分叉的「燕尾」，在台湾古时的民宅，屋项的造型有马背型和燕尾型二种，具官衙或神庙大多采燕尾型，与一段平民所住的马背型房屋有所区别，所以吴家古厝屋顶为燕尾型，可能是具有官衙的家族，但已无从考据。而吴家古厝的门钹与门环，装设有八卦形图案，藉以趋吉避凶，又有装饰作用，门环可交叠上锁，防止宵小入侵。而古厝鸟踏以下的墙壁，皆以土葛砌成而镶以红砖做为建材。而所谓的「土葛」，不含砂质的重黏土，加入粗糠、土块，咾古石等，是弥陀最具代表性的古厝建筑，也是弥陀历史发展的最佳见证。?
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