清道光28年（西元1848年）笨南、笨北商郊金晋顺、金正顺、金合顺发起诸信增建後殿，祀奉原来於协天宫的「关圣帝君」，其後未再做大规模修建。民国36年（1947年）信众倡议大修前後两殿，加建忠义亭、治水亭，至民国39年（西元1950年）竣工，民国74年（西元1985年）11月27日内政部核定为第二级古蹟，是嘉义县内唯一的第二级古蹟。民国79年至81年再度大修形成现貌，民国94年12月（西元2005年）嘉义县府委托国立台南艺术大学古物维护研究所进行维护评估，包含壁画及木造结构彩绘修复、彩绘施作等内容，德籍教授魏理主导整个修护案，目前仍在修复中。
水仙宫位於嘉义县新港乡南港村旧南港58号，现分为三殿，前祀天上圣母，中祀水仙尊王，後祀关圣帝君，庙中部分构件仍保存清嘉庆19年（西元1814年）重建时之建材，面宽三间，三进两廊式建筑，坐向与道光时期的记载类同，从内部看，三川殿、拜殿、及正殿的大木结构统一，通梁用料壮实硕大，瓜筒扁胖饱满，细部的木雕细致精美，深具艺术价值，从户外看其侧面，山墙相连的整体造型，视觉纵身颇大，屋脊曲线优美，山墙上的彩绘及泥塑极为细致。三川殿屋顶采三川脊形式，有青斗石狮镇於两侧，入口上方有狮头的木雕装饰，雕刻细致颇为俏皮，前後檐口皆为石雕龙柱，石柱上雕的龙身体态转折自然。
此外，水仙宫也以殿内墙面的浮塑彩绘着名，两侧墙堵间有多幅之白墙半浮塑加彩画，题材多为人物，刻画其面部表情及神态细腻而自然，做工秀丽典雅，彩绘部份色泽淡雅，线条清丽潇洒，这些浮塑彩绘是台南彩绘大师陈玉峰和剪粘名匠江清露於民国37年（西元1947年）整修时所绘制，这十一堵壁画和门神据悉是国内仅存原作，最可贵的是壁画从来没有被动过，十分珍贵。庙内另有县丞庞周立的「日月争光」匾额一方，是清嘉庆21年(西元1816年)易地重建完成时的文物。而正殿内清乾隆45年（西元1780年）贡生林开周捐献的蟠龙石柱一对，龙头昂首向上，线条犀利，还有许多清代的石香炉、木牌位、铜钟及签筒，都是的重要古文物。
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