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总赶宫的创建年代，说法纷歧，育称建於明永历年间。不过，范咸的《重修台湾府志》别说是渍圣祖康熙30年甲申(西元1704年)，由台厦道高拱乾所建。其後经嘉庆、道光、光绪及民国等数度重修，庙貌有显着的改变。
别一说法为建於明永历年间（西元1647年～1683年），为随郑成功来台之水师所建，原称圣公宫，主祀军船守护神圣公爷，因圣公爷又称总管爷，因而庙称为「总管宫」，但因为口误，叫到後来就成了「总赶宫」，庙内道光年间所立的碑上，刻的就是「重兴总赶宫碑记」。
庙内保有的文物不少，石质的香炉、精雕细刻的木质神桌、彩绘壁画及石柱楹联均为年代久远的民间艺作。而数帧匾额都有一百年的历史。庙貌颇具古风，由三川殿及正殿组成，建筑体三进两厢、坐北朝南，目前只剩正殿及後殿仍维持旧貌。门前抱鼓石及柱础为古物，门柱上有清乾隆时期的对联，殿内现存文物颇多，如︰石刻、木雕、壁画、梁枋画等均属佳作。燕尾脊，三川门屋脊上饰有双龙拱护福禄寿三仙，为整栋建筑的视觉焦点。两旁还饰有跃起的龙头吐出一卷卷浪花。庙内右壁嵌有道光年间重修捐题总赶宫碑记，四边雕饰着五蝠蔓草；并藏有清代巡道杨廷理长生禄位，海澄县儒学黄化鲤禄位，是珍贵古物。於民国74年（西元1985年）重建成北方式样的观音厅，与主建筑体不太搭配。门神、壁堵彩绘为名师陈寿彝之作品。神龛两旁壁堵的彩绘，和门神比较起来，显得较为淡雅、素净。内政部於民国74年（西元1985年）指定为三级古蹟。
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