士大夫们都知道蔡邕是个正直的知识分子，不会阿谀奉承，更绝不可能是董卓的同党。纷纷为他说情，太尉马日磾跟王允说道：“蔡邕是个旷世奇才，他精通汉史，如能让他续成后汉史，也是一件盛事。而且他素以忠孝闻名，杀掉他，将会失去人心。”王允道：“当初武帝不杀司马迁，结果让诽谤他的史书(即《史记》)流传后世。现在时势混乱，更不应让这些居心叵测的“笔杆子”，盘踞在幼主(指汉献帝)左右，令我辈遭后人谤议。”
最后，蔡邕还是死于狱中，时年六十一岁。大家都知道他是一个正直的好人，所以听说他死于狱中，很多人痛哭流涕，表示哀悼之情。可惜他搜集了很多汉史的资料，却终于没能写成后汉史。只有他写的百多篇诗、赋、论议等著作流传于后世(印有蔡中郎全集)。大概是其文字特别优美，在范晔所著的《后汉书?蔡邕列传》中，破天荒地引用了他的五篇奏章，总字数达六千之多。
