有明一代，绝大多数时期内实行的是两京制。明太祖朱元璋定都应天府，即南京。明成祖朱棣于永乐十九年(1421)迁都顺天府，即北京，以应天府南京为留都，合称“二京府”。
明成祖朱棣迁都北京后，仍然在南京保留了六部的设置，即户部、兵部、工部、吏部、刑部、礼部，但是南京六部在行文之时，前面要加“南京”二字，以示与北京六部的区别。此外在南京也保留了都察院、通政使司、五军都督府、翰林院、国子监等机构。这些机构官员的级别同北京相同，但是权力却小于北京，通常会受到北京机构的监督和制约[2]25。细究之下，明代南京机构并非全然无关紧要的设置，因此，有必要重新审视南京六部的作用与历史地位，并给予其应有的评价。
明代南京六部的官员级别与北京六部完全相同。各部设有尚书一人，为正二品，左、右侍郎各一人，为正三品。此外，各部还设有各清吏司，负责本部具体事务，并设郎中、员外郎、主事等。
南京六部的管辖范围主要集中在南直隶地区及附近相关各省。南京所在的南直隶地区，相当于今天的江苏、安徽、上海两省一市之地，南直隶地区的全部事务都由南京六部负责。此外，南直隶附近相关各省的某些事务，也由南京六部负责。其中南京户部和南京兵部的权责尤为重要。
南京户部
自西晋末年“衣冠南渡”以来，中国的经济重心逐渐南移，到了唐代后期，南方已经成为国家财赋收入的重要基地，及至两宋、元代和明代，南方的经济地位更加突出。整个明代时期，南方地区特别是江南地区已经成为中国的经济中心。南京户部最重要的职责就是负责征收南直隶及附近浙江、江西、湖广各省的税粮，除一部分留作自支外，另一部分则输送北京。可以说，南京户部掌握了全国的财赋命脉，可见它在全国经济运营中的重要作用。
南京户部的另一重要职责是管理和收藏全国黄册。所谓黄册，即赋役黄册，记载天下人口的户籍、里甲、赋役等情况，册面黄纸，因此称为黄册。黄册每十年更定一次，并收藏于南京后湖(即玄武湖)，由南京户部负责统计和管理。至明朝末年，后湖黄册库共收贮黄册达179万余本。南京户部的重要职责还包括负责全国的盐引勘合。明代同绝大多数朝代相同，实行盐业政府专营。销售无盐引之盐即为贩卖私盐，其罪至死。因此，盐引勘合不可或缺。全国各地盐运使司、盐课提举司行盐用的盐引勘合均由南京户部管理。南京户部负责组织印刷盐引，印刷完毕，用印钤盖，然后发给各司使用。此外，南京户部还负有督理南京各卫所的屯粮、发放南京官员的禄廪、监督南京各卫所仓庾等职责[5]。由此可见南京户部权责的重要性及其事务的繁杂性。
南京兵部
除南京户部外，南京兵部也是职责重要、权力重大的部门。南京兵部的职权可以分为军事、行政、后勤保障三类。南京兵部最重要的职权是军事职权，主要负责南京及附近地区的军事守备。南京兵部的行政职权，指的是负责南京地区军事官员的考核、任用、裁撤，以及负责南京地区的武学和武举等。南京兵部的后勤保障职权，主要指的是管理南京地区的官船、官马、驿站等。此外，从明代中期开始，南京兵部尚书兼任南京“参赞机务”形成定例，南京兵部尚书会同南京守备太监与守备勋臣共同负责南京及其附近地区的全部机务。因此，南京兵部尚书成为南京及南直隶地区掌控军政大权的要员。南京兵部尚书乔宇在平定宁王朱宸濠叛乱和支援东南抗倭战争中起到了重要作用。明代著名哲学家、军事家王阳明也曾担任南京兵部尚书。
南京工部
主要负责南京及南直隶地区的工程营造工作。南京工部的首要职责是掌管南京城墙、南京皇城、各部司衙门、陵庙坛寺的修缮工作，特别是明孝陵、盱眙明祖陵、凤阳明皇陵的葺缮工程。南京工部还负责南京地区军器、陶器制造，南京桥梁、水洞、街道的修葺，并兼理织造、船造等事务。此外，南京工部还负责铸造南京户部刷印盐引勘合的铜版。
南京吏部
主要负责南京及南直隶地区官员的日常管理，“凡南京大小衙门，升转、丁忧、事故等项官员，作缺到部，类咨吏部”。此外，南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察。崇祯(1628—1644)初年，南京户部尚书郑三俊兼理南京吏部，就以京察的名义将南京地区魏忠贤的遗党裁撤一空。
南京刑部
主要负责南京及南直隶地区各官府机构及各卫所的司法断案工作，具有相对独立的司法权。
南京礼部
主要负责南京各官府机构的庆典礼仪、陵庙的祭祀工作。每年明孝陵的“三大祭”即由南京礼部负责。
具体分析各部的职责与权力，可见南京六部主要负责南直隶及附近各省的相关事务，包括政治、经济、军事等方方面面，各有其执掌，而且非常重要。其中南京户部和兵部的权责尤为重要。
因此，对于南京六部的历史地位应予以充分认同。南京六部的重要作用与历史地位主要体现在以下三个方面：
从政治方面看，明代南京作为仅次于北京的第二都城，一直以来都备受统治者的重视。南京除了没有皇帝和内阁外，其他的机构设置、官员级别与北京几乎完全相同，近似于中央政府的一个备份。南京作为南方的政治中心，在维护南方政局稳定方面起到了重要作用。也正因此，在以李自成为代表的农民起义军进攻北京之时，崇祯皇帝屡有南迁之意，并得到了部分大臣的支持，然而朝中更多大臣的反对使此举不行。后有大臣建议太子赴江南抚军，然而遭到兵科给事中光时亨的反对，也使得太子赴南京监国之事不可行。在崇祯皇帝自杀殉国、群龙无首的时期，正是由于留都南京有六部、都察院等一整套的国家机构的存在，南京官员仅在一个月之内，就迅速组建了以福王朱由崧为首的新政权。由此可见南京作为留都的重要性。如果崇祯皇帝南迁之意可行，或派太子赴南京监国，结果犹未可知。虽然南明政权由于上层争权夺势、官员内部倾轧、外部军事失策等原因最终覆亡，但仍延续了明朝国祚十八年之久。总之，南京留都和南京六部等机构的设置，在维护政权稳定方面起到了十分关键的作用。