民国九十二年十一月二十七日至十二月三日期间，历史博物馆历史考古小组曾在下圭柔山II遗址进行过发掘工作，试掘的目的主要是为了探究历史时期荷兰及西班牙人与当地原住民间的互动关系，因而进行了4个1m×2m之试掘坑。遗址包含有三个不同年代的文化层，最早为距今约5,000-4,500年前左右之大坌坑文化晚期、距今800-400年前之十三行文化中期（刘益昌称之为埤岛桥类型）以及明清以後历史时期之文化堆积。当次发掘出土的遗物相当丰富，其中以宋元至明代时期中国生产的贸易陶瓷如硬陶、釉陶、青瓷片为最大宗，另外还有当地所制造的陶器，陶器颜色主要为灰褐色夹砂陶，陶器口缘以下皆有方格拍印纹饰。石器方面有凹石、石槌、砥石及石片器等等。金属器方面有铁制的箭头，以及出土一枚铜钱，为北宋的祥符元宝。由地表面下50-60公分出土的木炭测试其碳十四年代的结果显示，地下50-60公分处之文化层为相当於中国明代，为距今400年左右之遗存（成耆仁、翟振孝、涂勤慧2005）。
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