设立初期为配合政府出口扩张政策，仅开放制造业入区投资，并规定产品全额外销。当时国内劳力过剩且缺乏资金、技术，因此区内事业以高外资、高劳力密集产业为主，产品皆为加工、代工品。1966-1987年以制造业为主。1988年开放设立贸易、谘询等服务业，1988年起拓展至贸易业。1997年为因应仓储转运业务需要，增加仓储转运业、机器设备制造业与修配业、运输工具修配服务业、电力及电子机械器材修配服务业，及关联性产业服务业等。
1986年起，为促进加工出口区与国内工业之连结发展，将内销比例逐步放宽为1986-1987年20%、1988-1996年50%。1997年为符合世界贸易组织（World Trade Organization,简写WTO）的自由贸易规范，全面取消内外销比例限制。
加工出口区的发展可分五个时期：（一）1966-1976年为快速成长期，以消费性电子及其零组件、成衣及服饰等的传统制造业为主。产品有高达56.7%为一般消费性电子及其零组件，成衣及服饰占16.4%，塑胶制品占5.9%，其他占21%。
（二）1977-1986年为稳定发展期，产业仍以制造业为主，但代工方式逐渐由低阶提高至中阶。主要产品包括：彩色电视、多功能收录音机、汽车音响；电晶体积体电路、可变电阻器、电子记忆盘数字管、萤光显示管等中高级消费性电子及零组件，所占比重高达65.8%，成衣及服饰降至11.4%。
（三）1987-1996年为产业结构调整期，以科技产业（IC、LCD）为主，贸易业为辅，并开放产品可供内销。产品中有76.4%是中阶关键电子及零组件；高级成衣及服饰降为6.2%。
（四）1997-2004年为转型扩展期，以科技产业（IC、LCD、光学）为主，贸易业、仓储业等关联性产业为辅，并开放产品可全面内销；产品有80.4%是中高阶关键电子及零组件。
（五）2005年起为产业群聚发展期，以高附加价值产业（IC、LCD、光学、数位内容）为主，高阶关键电子及零组件比重达83.1%，其主要产品包括高阶IC封测、高阶液晶显示器（如第7代TFT-LCD）、多层及高密度印刷电路板、LCD用驱动IC等。
在园区设置方面，继高雄加工出口区之後，1968年行政院核定设置楠梓加工出口区，1969年设置台中加工出口区，1997年起陆续开发成立中港、临广、高雄软体科技、成功物流、屏东等加工出口区。2005年各加工出口区的营业总额新台币3400亿元，截至2005年累积贸易顺差470亿美元，约占总体贸易顺差的18.2%，对国家经济发展具有举足轻重的地位。
中文关键字： 「奖励投资条例」 , 出口扩张政策 , 劳力密集产业 , 产业群聚
英文关键字Act of Encouragement of Investment , Export expansion policy , Labor-intensive industry , Industry cluster
参考资料