举例来说，某个遗址的自然层位堆积由上而下分别是表土层5公分、近代扰乱层25公分、第一文化层30公分、堆积层15公分、第二文化层40公分、生土层20公分，那麽采用自然层位法进行发掘时，就是先发掘表土层的范围，发掘的深度为5公分；完成表土层的发掘後进行近代扰乱层的发掘，发掘的深度为25公分，其余依此类推直到发掘完成。在考古学上，使用自然层位法进行发掘最显着的益处就在於能够由此让考古学家认识每一个层位堆积的原始样貌，尤其是在地表坡度起伏较大的区域，如果使用人工层位法，可能挖到某个深度的时候，东边已经进入了遗物大量出土的文化层而西边还停留在扰乱层；相对的，采用自然层位法，可以让我们更精确的了解过去人的日常活动是在什麽样的地形、地貌上进行。
在实际的操作上，自然层位法不像人工层位法那样，藉由不断的测量控制每次向下发掘的深度，而是需要在发掘进行的过程中利用观察力和经验，主观的根据目前发掘范围的土质、土色、出土器物等等资讯，来判断堆积层位是否有改变、是否该进入下一个层位，困难度也因此比人工层位法高。除此之外，在地层堆积的过程中一些自然、人为的扰乱或二次堆积等情况，都有可能在发掘过程中影响我们对自然层位的判断，因此在实行自然层位发掘法的时候，首先也必须对遗址当地的地层堆积概况有所了解。而有些时候某个特定层位如果堆积较深，只靠自然层位法没有办法为出土的器物做出精确的定位，也可能因此失去在时间上变异的资讯，因此考古学家有时候也会加入人工层位法的概念，将一个较深厚的自然堆积层分成几个深度相同的人工层位，以此控制发掘。由此可知，自然层位法是一个很基本的操作概念，他不仅可以自成一个方法进行发掘，也能够在自然层位的前提下搭配人工分层的概念，根据遗址状况的不同而有弹性的调整，让发掘与纪录的工作能够更有效的被考古学家所掌握。