1650年-1660年间，萧拱宸於郑家军中持续担任重要军职，参与过诸如围夺南京的战役。郑成功兵败於南京之时，他不但脱困，并且受命於崇武一地，阻截清军的追击。1661年3月，他参加从征台湾的郑家军。同年6月，驻军於台湾南部的凤山（今左营）。1662年2月，郑氏政权击退荷兰军後，萧拱宸跟随随成功开发台南麻豆、目加溜湾等四平埔族「番社」。
同年6月，郑成功因病去世，得年39岁。萧拱宸连同许多郑家军将领推举郑成功的胞弟郑袭为「护理」，准备承袭郑氏政权，11月，郑成功世子郑经自厦门搭战船至台湾，萧拱宸与黄昭驻兵於台南内江洲仔尾来抗拒郑经政权，後遭周全斌等将领所平定，战役後，萧拱宸被郑经所属军队所擒，随後遭斩杀。
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