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现行宪法制定之初，采「修正式内阁制」，以行政院为国家最高行政机关（考试权归考试院掌理），向立法院负责。总统发布命令须经行政院院长之副署，亦即行政院院长有副署权，得以节制总统之职权。行政院有向立法院提出法律案、预算案等各种议案之权力，并有向其提出施政方针及施政报告之责，立法院开会时，行政院及其他关系院之院长及各部会首长得列席陈述意见。当立法院不支持行政院时，现行宪法本文未采取内阁制下不信任投票、解散国会等制度，而以覆议制取代。亦即立法院决议之法律案、预算案、条约案，行政院如认有窒碍难行时，得经总统之核可，移请立法院覆议。如经出席立法委员三分之二维持原案，行政院院长应即接受该决议或辞职。
行政院采首长制，以院长为其首长。依宪法本文行政院院长由总统提名，经立法院同意後任命之。行政院院长、副院长、各部会首长、不管部会之政务委员，共同组成行政院会议，襄助院长作成决策。法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及其他重要事项，或涉及各部会共同关系之事项，在提出於立法院之前，均须交由行政院会议议决，但因非合议制之设计，故仍以行政院院长之裁决为断。
行政院及各部会之组织，原则上采上命下从之科层体制，但依法律独立行使职权之独立机关（例如国家通讯传播委员会），则行使职权不受行政院之指挥命令。行政院得依动员戡乱时期临时条款、宪法增修条文、行政院组织法或其他法律之规定，设置所属下级机关。
行政院组织法於行宪後历经6次修正。1947年行宪之初，行政院组织法明文规定，设14部3会1处1局；政府迁台後，1952年时整并为8部2会1处1局。此後迭有增设，截至2006年为止，共有8部、23委员会、1行、1处、2局、3署、1院。
1997年修宪後，总统任命行政院院长，无须经由立法院同意，行政院与立法院之间，除原有覆议规定外，更引进不信任案（倒阁权）及解散立法院制度，使政府体制倾向於「双首长制」。但因总统有关国家安全大政方针之决策，仍须交由行政院及各部会执行，本身并未设有执行之机关。故行政院为国家最高行政机关之地位，并未完全变更。
中文关键字： 行政首长 , 议会内阁制 , 双首长制 , 行政院 , 副署
英文关键字head of the government , parliamentary system , semi-presidentialism , Executive Yuan , counter-signature
参考资料
延伸阅读