灵岩寺主祀观世音菩萨，由於东部海岸常有台风发生，过去当地民众常为躲避风灾而入洞内避难，并祈求观世音菩萨庇佑他们能安然渡过，久而久之，当地居民便在洞内塑观音菩萨像加以膜拜。直到民国十六年，由花莲县瑞穗乡一位俗称「阿礼师」的出家人，发起当地捐资建寺供佛，并宣扬佛法教化居民。阿礼师圆寂後由释真圆法师接任住持，民国四十五年再由释灵岩法师接任，民国六十一年释灵岩退隐，由朱静祷居士继任，民国六十三年再由宏悟法师接任，民国六十八年十月宏悟法师闭关，改由释法真师接掌，目前则由印观法师任住持。
由於灵岩寺位在东部海岸风景特定区内，因地理位置特殊，因此常有观光客前往膜拜，香火相当鼎盛。
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