- 注1：或谓此为康熙23年事，且称周昌为「台厦道」，见《全台首学台南市孔子庙》p2。按：《台湾通史．教育志》载：「康熙……二十三年，新建台、凤两县儒学。翌年，巡道周昌、知府蒋毓英就文庙旧址扩而大之，旁置府学。」则其事当系於康熙24年。又，《台湾通史．职官志》载：「分巡台湾兵备道一员，康熙二十三年设，为台厦兵备道，驻府治。六十年，去兵备。」则周昌当时之官衔应为「台厦兵备道」，简称「巡道」；「台厦道」乃康熙60年以後的职称。
- 参考文献：
- 连横（1994）。《台湾通史》。台北：众文图书公司。
- 傅朝卿主编（2000）。《全台首学台南市孔子庙》。台南：台湾建筑与文化资产出版社。
- 王明雪主编（2003）。《台南历史深度旅游》。台北：远流出版公司。
明永历19年（1665年），时值郑成功嗣子郑经统治台湾，谘议参军陈永华见开发屯垦的工作已略有成效，乃建议在东寜天兴州宁南坊鬼仔埔（即台南孔庙现址）「建圣庙，立学校，……速行教化，以造人才」。永历20年（1666年）圣庙建设完成，旁置明伦堂，是为现今台南市孔子庙前身。清康熙24年（1685年），台厦兵备道周昌、台湾知府蒋毓英奏准整修庙堂，改名为「先师庙」，置台湾府学（注1）。其後历经30余次重大整修与改建，遂成今貌。
现今台南孔庙除了主体建筑之外，还包括东侧的泮宫坊以及南侧的泮池。泮宫坊立於乾隆14年（1749年），为仿木构造之石坊；泮池为半圆形水池，在泮池与庭园相接之砖墙上嵌有「思乐泮水」石碑。
台南孔庙的庙界入口为东、西大成坊。东大成坊前东墙嵌有「文武官员军民人等至此下马」汉、满文石碑；东大成坊现为台南孔庙总入口，上悬「全台首学」匾额。西大成坊紧邻忠义国小校园，平时不开放。
台南孔庙的主体建筑部分依循「右庙左学」之规制。庙前东西分设礼门与义路，为旧时出入孔庙必经的路径；象徵知礼知义方能进入儒学的堂奥。
从礼门与义路之间前进则遇大成门。大成门又称「戟门」或「仪门」，为大成殿的三川门，有精致的木雕、石刻与彩绘，是孔庙诸门中最为华丽者。
大成门东侧为名宦祠与乡贤祠，奉祀蒋毓英、陈璸等12位对台南当地历史文化发展有贡献的官吏与乡绅；西侧为节孝祠与孝子祠，奉祀273位当地的烈女、节妇或孝子。
自大成门进入，正对面为大成殿。大成殿位於平台之上；平台前後围以腰墙，角落上各立小狮；角落下方为螭首，实为排水之用。东西两侧台阶之间有一斜坡，刻着螭龙与琴棋书画的纹饰，称为「螭陛」或「御路」，古时只有皇帝或新科状元祭孔时才能行走。「御路」与正殿之间有露台，为祭孔时表演佾舞之场所。大成殿为孔庙的主祀建筑，其平面空间接近正方形，面宽与进深同为三开间；正面柱间为镂空之格扇门窗。屋顶为歇山重檐式，其正脊中央置九层宝塔，为镇压禳火的「珠宫」。宝塔两侧有双龙护之，双龙尾後各置通天筒一枚。通天筒又名「藏经筒」或「藏书筒」，为孔庙专有之装饰物。屋顶上另有一种装饰物，则为成排置於垂脊之鸱鴞，盖以强调孔子之有教无类。大成殿两侧山墙则有铁剪刀构件。大成殿内正中为孔子神位，立於一精美神龛之中。两侧分立四配十二哲之神位。殿上屋架悬挂自清康熙以来8位皇帝与5位总统所题之匾额。
大成殿之两侧，前方为东庑、西庑，後方为礼器库、乐器库。东庑、西庑奉祀孔门弟子与历代宣扬儒学的先贤。礼器库、乐器库存放祭孔释奠礼或其他重要仪典所使用的各种礼器与乐器。
大成殿正後方为崇圣祠，原称「启圣祠」，主祀孔子之父叔梁纥。清雍正元年（1723年）谕准孔子五代先世享用王爵尊号并入祀，乃改名「崇圣祠」。除奉祀孔子五世祖先之外，并配祀孔鲤等10位先贤先儒。神龛东壁嵌有「谕封孔子五代王爵并合祀碑记」。
崇圣祠东侧为以成书院，西侧为典籍库。以成书院为孔庙之乐局，院生平时勤练礼乐，以便於释奠礼时担任礼生、乐生之职。院内中央设有孔子牌位神龛，神龛上高悬「辟宫雅乐」匾。典籍库原为展示儒学典籍之场所，现今则堆满书架、橱柜、桌椅……等杂物，久未开放。
府学以入德之门为入口，明伦堂为其主体。入德之门面宽三开间，中央为燕尾，两侧以马背收头，墙面粉白。明伦堂是孔庙中儒学的讲堂，亦面宽三开间，单檐硬山屋顶，饰有燕尾。堂前有抱轩；堂内中央悬挂乾隆年间杨开鼎所书「明伦堂」匾额。其下为一墙屏，上有元代赵孟頫所书《大学》首章复制墨迹。两侧墙壁则为朱熹所书「忠孝节义」之复制墨迹。後墙内壁东侧有「重修台湾府孔子庙学碑记」，西侧有「台湾府学全图」；明伦堂东壁则有「重俢台湾府学明伦堂碑记」与「卧碑」两碑。
明伦堂东北方为文昌阁，为康熙年间巡道陈璸依福州府学奎光阁体式所修建。阁高三层，第一层为方形；第二层为圆形，奉祀文昌帝君；第三层为八角形，奉祀魁星爷。
除了建筑历史悠久、格局完整之外，台南孔庙尚有33件石刻碑碣，为研究台南孔庙与台湾历史的重要史料。
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