至清光绪年间，庙方奉主祀神农大帝二祖指示，新塑大帝老祖金身。
台湾光复後，所在地在建乡划村时立称「神农村」，因此当地居民皆以「老祖」来敬称之，外地人来此则敬称为「仙公祖」，之後陆续雕塑神农三祖、四祖、五祖，所以青云宫内一共奉祀了五尊神农大帝，分别管辖大社乡神农村、三奶村、观音村、翠屏村、中里村等五个村行政区。民国54年（西元1965年），由於信徒日增，香火鼎盛，乡绅倡议购地整建，便於十月购地，十二月奠基，历十余年，於民国70年（西元1981年）农历4月26日，神农大帝圣诞当日落成。
神农大帝系上古三皇之一，也称「炎帝」，不仅发明农具，还教民种植五谷，更亲嚐百草，医治百姓的疾病，所以台湾奉祀神农大帝的庙宇有白、黑、红三种不同颜面的神像，用以表达神农大帝教耕稼、嚐百草、纵火烧林的事蹟，青云宫所奉祀的是以黑面神农大帝为主，更是全台奉祀神农大帝的主庙之一，全台诸多村落所祭拜的神农大帝皆自青云宫分灵出去。
青云宫属三川脊式的两层楼建筑，庙中悬有清嘉庆年间的「兆民所天」古匾，以及同治年间乡内举人黄焕猷所赠的「万事永赖」古匾，还有一副光绪年间的古对联。而青云宫的门神彩绘，则出自台南绘画名家蔡草如之手。
民国81年（西元1992年）8月，青云宫为弘扬正确的道教信仰，经高雄道德院协助及地方热心人士捐助，附设兴建道教图书馆，全名为「道教青云宫图书馆」，使青云宫不仅成为当地的信仰中心，更是当地活动的集会场所。?
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