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相传中法战争时，此宫之妈祖也曾显神力助战，经巡抚刘铭传曾奏请光绪皇帝微赐「翼天昭明」匾额，现今仍悬挂在正殿，为庙中宝物之一。福佑宫殿宇古苍，和所有庙宇一样，燕尾高耸，前有山门，雕刻细腻，进入正殿，有嘉庆2年「天上圣母」、「水德杨灵」及道光20年的「惠风法雨」古匾，殿右陪祀观音佛祖，左方则是水仙尊王。东西墙壁前各有10个金身神仙，西壁是云晟、力风、飞钹、伏虎、开心、梁武、伏婆、长眉、目莲和主神，东壁是降龙、进果、佛陀、进香、多利、志公、夜多、道悟、布袋和主神。福佑宫，两侧街市是淡水最早的街道，由它的位置，可以看出早期淡水发展的情形。庙前的这一条「中正路」，又叫「下街」在清朝末年称做「沪尾街」，往东是为「公馆口」，是因在嘉庆年间有何姓望族，在今公馆口兴建了一座四合院，用来堆置谷物，接待亲友并充当交易商货之所，往西叫做「新店子」，以前是洋人居住活动的地区。如今经过二百多年世事全非，但是「福佑宫」依然屹立在老街，「妈祖娘娘」眼睑下垂俯视着芸芸众生，保佑着淡水的居民和四方游客。
福佑宫历经多次重修变迁，仍保留传统风貌，庙内石雕朴实浑厚，木雕及妈祖、千里眼、顺风耳之塑像水准更是非凡。在福佑宫前殿之右侧内墙，嵌有一极具历史价值的石碑，於嘉庆元年（西元1796年）所立，高约90公分，宽约45公分，碑名为「望高楼碑志」。「望高楼碑」能让今人了解早期沪尾之社会状况与淡水河运关系密切；古物保存更是不少，是研究淡水港埠发展及沪尾街形成之珍贵文资产。
望高楼是台湾最早的灯塔，位於淡水河口北岸沙仑西北岬。约在清乾隆末，有船只将淡水港入口 东北处之沙汕误认为泊港，而遭不测。故淡水街人士在沙汕附近建一望高楼灯塔，以利黑夜时，指示船只向灯塔的南边进港。入港的船只皆至福佑宫捐献香油钱，除祈求平安外，也用为购置照明用的油火，与支付守楼雇工的费用。寺庙在传统社会的公共事务中扮演着重要角色，於此可见。
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