妙崇寺源於民国五十二年（西元1963年）兴建在高雄市前镇草衙地区，历经二十多年的弘法，已成为当地一座精神信仰中心。但是在民国七十一年（西元1982年），因高雄市政府欲拓宽道路来改善当地交通，使得妙崇寺面临拆迁的命运。於是寺众决定另觅清静深山再建妙崇寺，幸而在民国七十三年（西元1984年）寻得六龟乡境内的清凉山整地兴建。
兴建初期，当时开山上人宏安法师并没有具体的蓝图，寻山购地时也非要兴建文殊道场，但在奠基祭拜後的当日午夜，大智文殊师利菩萨示现形像，因此宏安上人更改计划，遂先建文殊殿，其後受到文殊菩萨之慈悲加持圣事甚多，洵不可思议也。
接着，历经二年八个月之规划，於民国七十七年（西元1988）正式奠基开山，仿唐宋时期城堡宫廷寺宇的建筑进行工程兴建，历时二十二年，於民国八十九年(西元2000年)才竣工完成。寺内由七如来殿、弥勒殿、药师殿、弥陀殿、毘卢殿、圆通宝殿及寺後上方最先兴建的文殊殿等七座殿堂构成，整座寺的外墙皆是佛像浮雕，而殿内的景泰蓝大柱、壁画，檀城更以樟木雕刻而成，十分庄严。所以从进门开始，任何地方都精工细琢，庄严肃穆，美不胜收。
可惜，在2009年8月8日，中度台风莫拉克侵袭台湾，强风挟带惊人的豪雨，造成台湾南部五十年来最严重的灾难。
妙崇寺在此次风灾浩劫中也相当惨重，开山祖殿文殊宝殿与周边环境、数栋木屋、外围护城墙、林木、步道、许愿池…等，全数遭到崩塌土石流无情的摧毁，无一幸免。
现妙崇寺主殿已修复，但文殊殿重建恐怕还要再多等些时日。
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