光绪十一年（西元1885年），当地信众才倡议建庙，翌年勘定庙地（现在庙址），还渡海远赴大陆选购福杉等木材，做为建庙之用。但相传购足木材回程时，因材料笨动，端靠陆运交通无法运回之际，骤然间狂风大作雷雨交加，海水一时由白沙仑沿二层行溪倒灌，使所购得之木材便随水溯流而上，自动漂回古亭溪，此一奇蹟不胫而走，闻者均认系神只显灵。之後历时三年鸠工完成，并撰名为「隆后宫」。
嗣後日据时期，日本为达到其皇民化之目的，曾在民国二十四、五年间全面进行烧庙灭教的行动，於是当地薜允得便设法偷出妈祖金身，将其藏匿於别处，以避免妈祖佛像濒临劫难。但为避免人多行事较有泄密之虞，因此薜允得在某夜间，单独潜入庙内，偷出妈祖金身，先密藏於大山沟山洞内，後转藏於大坵园沟火炭窑内，并利用晨昏偷偷上山奉香敬茶。之後日本警察烧隆后宫神像时，曾千方百计遍寻妈祖金身，还严刑逼供庙祝及地方父老多人，所幸除当时薜允得一人密藏其金身，其他无人得知其下落，妈祖金身才免去一场浩劫。迨至民国三十四年台湾光复，薜允得再将妈祖金身请回庙中安座，地方民众始知其密藏经过，认为其功不可没。
民国四十一年（西元1952年）因日据期间庙内年久失修，於是筹资重修，并重塑被日警所烧毁各尊神像。民国七十一年（西元1982年）倡议重新建庙，後择定甲子年桐月（民国七十三年农历三月十四日）动工兴建。历经五载，於民国七十七年（西元1988年）十月全部竣工完成迄今。
隆后宫除主祀天上圣母妈祖娘娘外，并由三妈镇殿，同祀大妈和二妈，左右配祀福德正神和观音佛祖。且隆后宫还组训各项民俗技艺古典团，诸如应菜龙的鹿子阵、排路头的跳鼓阵、顶下茅草山及中心仑的宋江阵与大旗锣鼓阵，每逢农历三月二十三日圣母千秋寿诞，境内外古典艺团及八方信徒均齐集参拜，为当地一大盛事。?
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