两座「紫竹寺」的渊源都相同，但因地方派系嫌隙，部分信众在内门乡内埔村兴建「南海紫竹寺」，六十五年落成，也供奉观音佛祖。此後，两座紫竹寺各自举办庙会活动，不相往来。
而追溯内门乡的观音信仰，可从清康熙三年（西元一六六三年），大学士沈光文因作诗讽刺郑经，几遭不测，便乔装为僧侣逃入罗汉门开始，据史书记载，沈光文於罗汉门结茅为僧，奉祀观音，以汉文教授番黎。尔後，汉人移民至罗汉门渐众，据郭家族谱记载，原籍福建省德化县五谷溪的郭文良，育有六子，郭文良死後，其妻朱氏在康熙卅五年(西元一六九六年)带着四个儿子，次子元钦、三子元枢、四子元兴、五子元章，渡海来台，并同时将家乡三尊观音菩蕯神像（分别为大佛祖、二佛祖、三佛祖）奉迎同来。
郭家来台後，在现今内门乡观亭村番子路一带落脚，後来，郭家人丁越来越旺，逐渐开枝散叶，往外发展出去，於是，次子元钦奉迎「大佛祖」移居东势埔（即今内门乡东埔村），三子元枢、五子元章奉迎「二佛祖」迁往石门坑（即今内门乡石坑村），四子元兴仍留在番子路奉祀三佛祖。
相传郭元兴将观音三佛祖安奉在家中，但在雍正十年的某天清晨，三佛祖座前的香炉竟不翼而飞。没想到数日後，偶因路过目前的紫竹寺寺址，发现那遍寻不着的香炉竟在现址附近的石榴树三叉枝上发现，而且炉内仍云烟袅袅、香火未熄。
经郭元兴请回後，香炉却一而再，再而三的不翼而飞，而每每皆在现寺址的石榴树三叉枝上发现。「飞炉」神蹟屡屡发生，事闻乡里都感灵异，大家议论纷纷，最後由当时分驻罗汉内门的台湾县丞叶文炳提议请示神意，由於该处正位二仁溪与七星洋沟水汇集处，中间形成一个小盆地，形状宛如一朵莲花，也就是地理师所称「莲花穴」的风水宝地，於是，择定该石榴树处为香火之地，公议由郭家供献佛像，在该地址由庄民共同筹建寺宇，鸠资择吉兴工。
据台湾县志记载，殿宇工程於雍正十一年(西元一七三三年)三月间即落成，之後，信徒提议应将大佛祖、二佛祖迎回同祀，结果在东势埔的大佛祖虽请回，但坐镇石门坑的二佛祖，因当时汉人在该地开垦，常与土番发生冲突，地方扰嚷不安，当地民众不肯让二佛祖离去，所以因而作罢。
观音佛祖原本只是郭氏家族的保护神，因「飞炉」神蹟显赫而由庄民共同出资建寺，更因神威远播，南北信徒慕名前来参拜者日众，就连当时清朝水师提督吴必达，於乾隆年间路过此地，听闻紫竹寺香火鼎盛，而特进入膜拜。并赐匾「紫竹生春」，所以才将该寺正式定名为「紫竹寺」。
内门紫竹寺建庙至今，已经过五次重修，分别在乾隆十七年，嘉庆十九年，光绪九年及民国十七年。直到民国五十七年七月廿三日，信徒代表大会认为紫竹寺久经风吹雨蚀日晒，已显破旧不堪，而且香客与日俱增，因此决议重建。
也因如此，地方派系间产生分岐嫌隙，部分信众在内门乡内埔村兴建「南海紫竹寺」，民国六十五年落成，同样也供奉观音佛祖。此後，内门乡境内便出现了两座「紫竹寺」。
所以如今所见的「内门紫竹寺」，是民国五十八年七月廿九日(农历六月十六日)所兴建，历时十二年才完成，目前「内门紫竹寺」不仅是内门乡的信仰中心，也是全台最具历史与规模的「观音妈庙」，更是全台观音信仰的重要庙宇之一。
民国九十九年（西元二0一0年），在当年地方耆老逐渐凋零後，「不相往来」的成规渐被淡忘，经两座紫竹寺信众讨论同意，相隔四十三年不相往来的两座「紫竹寺」，在「2010年高雄内门观音佛祖文化季」系列活动中，由高雄县长杨秋兴、高雄市长陈菊等多人的「人神共鉴」下「合炉、结彩」，举行内门紫竹寺、南海紫竹寺两寺43年来首度会香，终於破除成见，为宗教界一大盛事。
中文关键字： 内门紫竹寺 , 南海紫竹寺 , 高雄县内门乡
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