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（一）荷西时期的宣教
基督教（即通称的「新教」，Protestantism）在台湾的发展始自17世纪的荷西时期。刚独立的新教国家荷兰於1602年在爪哇的巴达维亚（今印尼雅加达）建立「荷兰联合东印度公司」，於1624年进占台南安平，却迟至1627年5月4日才有第一位荷兰改革宗教会（Dutch Reformed Church）的牧师干治士（Georgeius Candidius）前来关照荷兰官员和军人的信仰生活。
西班牙人於1626年5月从菲律宾马尼拉前来占领北台湾，并有天主教神父随行，先後在鸡笼（基隆）、沪尾（淡水）、金包里（金山）、宜兰等地传教，但为期较短，影响有限，1642年被荷人逐出台湾。
荷兰人在台宣教工作以台南安平附近新港六社的西拉雅平埔族为对象，逐渐向南北扩展。来台宣教师约有30名，前期（1624-1643年）以干治士和尤罗伯（Robertus Junius）两位牧师为主，因致力研究平埔族的宗教惯习，宣教进展顺利。1636年起在新港为男女孩童开办学校，教授罗马拼音及基本教理。後期（1643-1662年）因汉人激增及政治变动，宣教发展渐趋迟缓，倪但理（Daniel Gravius）以新港语翻译马太和约翰福音，范布链（Simon van Breen）前往虎尾壠（Favorlang）地区开拓，教士会也试图在萧珑（佳里）开设神学院。1661年郑成功由安平登陆，围攻热兰遮城，有五位牧师殉教，其中以韩布鲁克牧师（Antonius Hambroek）因妻儿被郑成功俘虏，被迫进城劝降荷兰长官揆一（Frederick Coyett）的过程最为悲壮感人。
由於荷西殖民势力在台期间短暂，宗教活动於郑成功据台後半世纪间逐渐消失。因荷兰宣教师曾使用罗马拼音教导西拉雅族，这些能使用书写文字者被称为「教册仔」，他们遗留的土地买卖契约通称「蕃仔契」（即「新港文书」），晚至1813年（嘉庆18年）仍有纪录。
西拉雅族将欧洲洋人视为「红毛亲戚」的想法也留存在族群的集体历史记忆中，成为清末下一波宣教的契机。
（二）晚清时期的第二波宣教
基督教再度进入台湾，是荷西之後两百年的晚清时期。有两个因素促成这一波由天主教和长老教会发起的宣教运动：一是欧美基督教於19世纪展开大规模海外宣教运动，足迹遍及亚洲、非洲、拉丁美洲；二是俄、美、英、法等国和大清帝国於1858年（咸丰8年）签订天津条约，规定台湾必须开放鸡笼、沪尾、安平、打狗（高雄）为通商口岸，并允许「在租界内自由传教」。基督教因而被视为「蕃仔教」，是殖民势力的一部份，宣教师和本地基督徒也被视为西方帝国主义的「同夥人」。
台湾开港後，来自马尼拉的道明会神父率先於1859年抵台，在艰困的环境和民众敌视下建立前金庄（高雄市前金区）和万金庄（屏东县万銮乡）等天主堂，并於1887年（光绪13年）在北台湾的和尚洲（芦洲）设立教堂。间隔两世纪多再度重建的宣教工作，在台湾天主教史上称为「宣教的回复」。
1860年，英国长老教会驻厦门宣教师杜嘉德（Carstairs Douglas）和驻汕头的金辅尔（Hur Libertas Mackenzie）抵达淡水、艋舺访问，提议以「医疗传道」的方式开拓台湾宣教。该会首任宣教师马雅各（James Laidlaw Maxwell）医生於1865年5月29日来台，先在府城（台南）传道并施医，後因民众反对撤至旗後（旗津），1866年建立首间礼拜堂和第一所西式医馆，有汉人信徒高长等受洗。相较於汉人传教的困难，平埔族的皈信是一大突破。1865年底，马雅各在英商必麒麟（William A. Pickering）陪伴下到府城周边拜访平埔社并施药医病。因西拉雅族视洋人为「蕃仔亲」，因此善待马雅各等人，自1869年起遂有新市、柑仔林、拔马（今左镇）、岗仔林等平埔族教会开设，其中头目李顺义成为教会领袖。1871年，中部葫芦墩（丰原）岸里大社头目潘开山（武干）因打猎受伤，经由必麒麟介绍给马雅各医治，基督信仰又传到巴宰族的岸里大社、埔社（埔里）、内社（鲤鱼潭）、牛眠山等地。
这段期间英国宣教师陆续抵台，首位牧师李庥（Hugh Ritchie）积极在福佬、客家、平埔等族群中设立教会，也远至东部後山的蟳广澳（成功）等地传教，更和夫人伊莱莎（Eliza C. Cooke）一起推动妇女教育。甘为霖（William Campbell）是出色的「荷兰研究」学者，编有《厦门音新字典》（俗称《甘字典》），创设盲哑教育的训瞽堂，并提倡澎湖宣教；巴克礼（Thomas Barclay）则整合打狗及台南两地之「传教师养成班」为「大学」（今台南神学院前身），将厦门音圣经改译为台语圣经，推动白话字运动，创设聚珍堂并出版《教会报》（今《台湾教会公报》），并增补杜嘉德的《厦英大辞典》。这期间入信的汉人信徒除了高长外，还有屏东盐埔的吴着、盐水的李豹、阿猴（屏东）的彭根、旧城的黄香等，他们也发展出台湾「基督徒家族史」（即基督徒家族代代经营发展且社会阶层不断提昇）的传统。
晚清是台湾政经中心逐渐北移的时机，也是淡水「开港」、与世界交会的历史时刻，加拿大长老教会宣教师马偕（George Leslie Mackay）於1872年3月9日抵达淡水并开拓惊人的宣教事业。他虽非正牌医生，但藉助传道旅行、拔牙、施药（治疗疟疾的奎宁水），深具实效。马偕具语言天分，精力过人，在30年间创建60间教会兼诊所，培育本地籍牧师2人、传道师60人、女宣道妇24名，信徒2633人。他的足迹遍及中央山脉两侧的北台湾，早期以台北盆地为主，後期才转往苏澳、宜兰，并开设噶玛兰族教会，向南也到苗栗、公馆一带，更远至花莲港的加礼宛社。
第二波宣教的初期，面对台湾民众的排外情绪，宣教师透过医疗、教育、文字、社会服务等关怀人群的需要，并化解敌意和偏见。马偕於1879年在淡水设「偕医馆」，1882年创建北部高等教育滥觞的「牛津学堂」（台湾神学院前身），1884年开办台湾妇女首学「女学堂」。他娶台湾女子张聪明为妻，死後埋在淡水的台湾人墓园，是认同本土的典范。
在这充满敌意的草创阶段，每遇政治动乱往往发生民众迫害信徒、捣毁教堂的「教案」，其中情节重大者有1868年因「樟脑事件」引发的埤头（凤山）教案和1884年清法战争期间民众拆毁新店、艋舺等数间教堂的北部教案，个别案件则有台湾首位殉教的庄清风以及甘为霖的白水溪受困事件等。面对各种教案，宣教师们坚忍不屈，展现传统长老教会「焚而不毁」的信仰精神。
（三）日治时代的组织扩展
1895年马关条约将台湾割给日本，引起民众忿恨，清朝官员和地方乡绅於5月成立「台湾民主国」，却在日本占台後全面溃散。南北长老教会面临日本占领过程中的误解和刁难，不但教会被侵占，更有不少信徒失踪或遇难。最引起注目的是基督徒参与「引领日军入城」的事件，包括可能指使辜显荣领日军入台北城的李春生、被迫领日军由澎湖登陆布袋港的林学恭传道师（此举不幸引发麻豆事件），以及领日军入台南城的巴克礼牧师等。前二者引发不少争议，後者则被誉为「和平使者」。
历经日治初期的阵痛，南北两长老教会逐渐和新政府建立良好关系，教势进展甚快，南部教会在10年间信徒增加一倍；中部在梅监雾牧师（Campbell N. Moody）和兰大卫医生（David Landsborough）合作下也快速扩展；北部教会也在吴威廉牧师（William Gauld）的领导下建立宣教师团队，分别在神学教育、医疗、妇女教育等方面各专其职，大甲、苑里一带由刘忠坚牧师（Duncan MacLeod）的开拓也有相当进展。
此阶段长老教会开始组织化，先是「台南长老大会」於1896年成立，并於1898年封立潘明珠和刘俊臣为南部最早的本地牧师（北部的马偕已於1885年自行封立严清华和陈荣辉两位牧师）；「台北长老中会」於1904年成立，这两个议会代表长老教会进入「代议制度」的新时代。经过酝酿与协调後，南北的两长老教会於1912年10月24日在彰化成立「台湾大会」，并开始使用共同的圣诗、刊物和教制，并议定以「台湾基督长老教会」为名称。
除组织化外，教会也逐步迈向自立。屏东出身的吴希荣牧师於南部设教50周年的1915年，大力提倡自治、自养、自传的「三自运动」，并於1921年建造第一间由本地人自资的屏东教会。在林燕臣、高笃行、郑溪泮、廖得等牧师支持下，自立运动带动教势发展，促成1930年南部四中会（台中、台南、嘉义、高雄）的成立。北部教会原本就有马偕主张「鼓励本地传道」的理想，後来因1925年加拿大长老教会分裂後的人事震荡，宣教师大批离开，又形成少数人领导的独裁作风，触发1930年代称为「新人运动」的自立革新运动。在年轻留日传道人和信徒领袖的推动下，该运动间接促成1938年北部三中会（台北、新竹、东部）的成立。
日本新教各教派陆续来台建立教会，但以日本人为主要对象，包括日本基督教会、圣公会、美以美会、组合教会、圣洁教会、基督复临安息日会等。真耶稣教会於1926年由张巴拿巴等人从厦门引介来台，陆续在台南、花莲、台北等地建立教堂，因信徒资源重叠而和长老教会产生紧张关系。这是台湾的基督教首次经历到多元教派的存在和竞争关系。
1931年起，由於日本政府为军国主义者所控制，日本本土及殖民地的教会都受到监控。1937年日本侵略中国（北支事件）後，更试图以「精神总动员运动」来强制基督教支持其政策，军国主义、天皇崇拜、神道教结合下的「皇民化运动」更在太平洋战争後加速推行，教会和传道人受到严密监视，礼拜中必须用日语讲道，唱日本国歌，行「国民礼仪」（向日本皇宫遥拜），教会学校师生更被迫到神社参拜，教会所属学校和医院逐一被控制、接收，或被迫关闭。由於英国、加拿大宣教师在1940年被遣返回国，台湾教会被迫全面「自立」，但却无法跳脱日本总督府的控制。1943年2月25日台湾基督长老教会被迫在彰化成立「总会」，1944年4月29日更和其他教派一起被纳入「日本基督教台湾教团」，直到1945年10月2日才宣布解散。
（四）第二次世界大战後的多元宣教发展
二次大战後是台湾多元化宣教的新契机。原住民宣教早已在日治後期展开，当时在「理蕃政策」的隔离措施下，有日本自立宣教师井上伊之助和加拿大圣公会宣教师叶资（Narsissus Peter Yates）两人突破「禁令」进入原住民部落工作。不过，真正的突破点是在孙雅各（James I. Dickson）夫妇赞助下，太鲁阁族的姬望（Ciwang?Iwal）和高添旺（Wilan-Takoh）等人在艰难和迫害下向自己同胞传教的努力。战後，骆先春、胡文池、许有才、庄声茂、林彼得、陈耀宗等平地牧者奋力投入原住民宣教，加上1946年温荣春在花莲开辨「台湾圣书学院」（玉山神学院前身），培育原住民传道人，信徒由数千人增加到1965年的10万人，被誉为「二十世纪的神蹟」。1970年代後，不少原住民教会经历灵性复兴运动，进而参与海外宣教活动，颇具特色。
1949年，超过150万的「大陆人」随国民政府自中国迁台，带来台湾基督教的第三波发展。这些新住民占当时全岛人口的14％，在惶恐不安的危机感中有相当比例成为基督徒。因为有为数众多的宣教师和资源「转进」台湾，不但「国语教会」快速扩展，整体教会的宣教也连带成长。这段期间，基督徒人数由51,000人增加到220,000人，神学院由2所增为10所，以「宣教」为主轴的团体由4个增为33个。由於蒋中正总统家族（宋美龄属於卫理公会）的关系，政教关系融洽，有许多政府官员成为基督徒。
此一阶段建立的「国语教会」大约有四类：（一）信义会、卫理公会、圣公会、浸信会等传统主流教派；（二）循理会、贵格会、圣洁会、宣道会、安息日会等小教派；（三）教会聚会所（现称「召会」，又分出基督徒聚会处、神的教会等）、中国布道会、灵粮世界布道会（灵粮堂）等本地自创教派；（四）因「语言」因素而在台湾新创设的教会，以名为「国语礼拜堂」的地方教会为代表，後来大多也发展出台语的聚会。
长老教会在战後推动好几波宣教运动，最显着的是1954年起为纪念宣教百周年的「倍加运动」和1966年的「新世纪宣教运动」，前者是一个「本土化」的宣教运动，有宝贵的「上山下乡」经验，着重教会数和信徒人数的增加；後者以「多角宣教」为原则，关怀特定的社群和没落中的社区，如山地、农村、都市、海外移民等，并强调平信徒的职份，以及自立与互助的夥伴精神，在宣教理念上比较接近普世运动的精神。长老教会自1951年成立总会後随即加入国际教会组织如普世教会协会（WCC）、世界归正教会联盟（WARC）、亚洲基督教协会（CCA）等，并因普世思潮影响而积极关怀民主人权、社会公义、族群、性别、生态等议题。
1965年後，台湾政经局势渐趋稳定，加上社会迈向工业化、都市化後，宣教发展逐渐停滞，主流教会大多维持现状，反而是使用台语的非主流教会如圣教会、真耶稣教会、聚会所等尚能成长。1980年代，带有灵恩派倾向的教会开始在都会地区发展，如通称「苗栗祷告山」的中华基督徒祈祷院始於1982年，在台语、国语、原住民教会里引发一阵热潮，但因不自觉的「属灵优越感」而带来教会的冲突和分裂。在中国创建的「真耶稣教会」藉着植堂和文字工作，逐渐将传教对象从中低层民众扩展到中产阶级和科技新贵。近年来结合灵恩运动和小组教会模式的几个独立教会系统，如灵粮堂、行道会、真理堂等。在2000年前後，国语教会系统曾主导推动「两千年福音运动」，但成效不彰。
中文关键字： 基督新教 , 台湾 , 宣教
英文关键字Protestantism , Taiwan , mission
参考资料