- 『台北市文化局』，http://cap.indextw.com/building/view.php?vid=181&page=1
- 『大台北捷运生活网』，http://www.himrt.com.tw/cul/cul3/cul3-10.htm
- 『台北123』，http://myweb.hinet.net/home4/dipper/ch9/9-1.htm
- 《台北古蹟侦探游》，李乾朗审订，远流出版社，118-119页
清水岩俗称「祖师庙」，奉祀清水祖师陈昭（陈应），为福建安溪移民的守护神，此主神像自原籍湖内乡清水本岩分灵而来，香火鼎盛。此庙除供祀清水祖师外，并祀关帝圣君、文昌帝君、大魁夫子、天上圣母、四尊者、福德正神等诸多神像。所供祀的清水祖师神像共有大小七尊，其中一尊的鼻子明显有黏合痕迹，传说每逢大灾变前夕，神像的鼻子便会掉落以示警，故又被称为「落鼻祖师」。
日治初期，明治29年（1896年），艋舺清水岩曾充作「国语学校附属学校」；大正11年（1922年)，「州立第二中学」亦设立於祖师庙，即今成功中学前身，使艋舺清水岩在台北教育史上亦有重大意义。
艋舺祖师庙原来为「三殿两廊两护」的格局，昭和15年（1940年）供奉妈祖的第三殿毁於火灾，使之成为今之两殿格局，当年第三殿的柱珠都还留存下来；接着民国60年（1971年）又因道路拓宽，右护室被拆除部分，破坏了传统建筑左右对称的严谨格局。1990年代，庙内进行整修，以保存维护这座深富历史价值之古蹟。
此庙坐东向西，现存「两殿」，前为三川殿，後为正殿，各为三开间，但因尚有「两廊两护」，所以第一进总面宽七开间，形成「七包三」的格局。前埕宽阔，内院分为五个天井，增加空间层次感，这也是台湾中型寺庙的典型配置。
前殿屋顶采用硬山式三川翘脊，增添庙宇的华丽感。前步口的入口檐廊里，蟠龙石柱、柱础、石鼓、门枕石、柜台脚、墙堵等，都刻有丰富的石雕，上有嘉庆及同治年间的落款，表现不同时期的雕凿风格。
正殿格局方正，进深六柱，采用硬山翘脊屋顶，前带拜殿。拜殿也有粗壮的蟠龙石柱一对，为清同治7年（1868年）所立。正殿高悬一块清光绪御赐的「功资拯济」匾额，中间上方处尚有一皇帝玉玺印监；此庙其他各处尚高挂多块年代久远的匾额。神桌正面的木雕刻於日昭和16年（1941年），左右分别由两位师傅所雕凿，手法细腻。神龛後方留有通道及格扇门，以穿心廊形式与原有之後殿相连。
两殿的木栋架与斗栱、瓜筒、雀替等，皆用材饱满、手法细腻，并雕以荷兰人作为撑栱，十分罕见。两侧护龙与正殿之间以过水廊相连。左右护室明、次间的栋架，主从分明：前者用抬梁式，後者用穿斗式，较一般寺庙讲究；尤其左护室最後段采用二层楼阁，更是传统寺庙中极为罕见的作法。
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