咸丰八年（1858）之後，因为原住民的侵扰不断，十六股庄一度荒废，直至光绪元年（1875）才由林苍安与垦民随清军东来继续开垦，并将十六股庄改称「复兴庄」，庙名亦改称「复兴宫」，以宣示重建决心。光绪四年，「加礼宛之役」爆发，复兴庄撤守，复兴宫在战乱被摧毁。光绪十六年（1890），延平王庙重建，仍命名「复兴宫」。民国四十年十月二十二日，花莲大地震，复兴宫被毁，经地方仕绅郑东辛集资重建，并正式更名为「延平王庙」。民国七十三年（1984）再度重建，民国八十六年（1997）完工迄今。
庙内正殿主祀的延平郡王郑成功，右殿为福德正神，左殿为地藏王菩萨及当年殁於防卫、疠疫及积劳病故的先贤牌位；二楼中殿奉祀五谷先帝，右殿为关圣帝君，左殿为天上圣 母；三楼中龛凌霄宝殿恭奉玉皇上帝，殿前进座观世音菩及咸丰元年黄阿凤至台南府城所恭迎之国姓爷金身，包含镇庙之宝延平王令旗，上面黑布缝缀白字的咸丰元年字样仍依稀可辨。而庙前两座石碑，为昭和十年由当地乡绅苏清秀及其子媳所修葺。
另外此庙有一米糕糜平安粥的传说，叙述当时清朝咸丰六年，十六股庄守城民兵用热粥汤泼淋，以阻止攻城者，所以之後十六股居民常於庙会节庆吃平安粥（米糕糜），以缅怀先民。
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