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原建在亭仔脚街（今青年路），建庙起源传说是一群福州商人在树下「方便」时，把五帝护身符挂在树上，因为激怒神明，只好在此地建庙。另有一说是白龙庵进行扶乩仪式时，驻紮庵内的日本士兵觉得吵闹，所以另建西来庵进行扶乩。根据日治时期《台湾日日新报》报导，20世纪初，西来庵庙会规模、八家将团的名声已经超过白龙庵。
1915年噍吧哖事件（又称西来庵事件），这次民变与西来庵有密切关连。从1912年起，噍吧哖事件的领导人余清芳 、苏有志和郑利记都是西来庵管理委员会的成员，常在西来庵聚会，密谋起事。在噍吧哖事件的研究中，认为西来庵在招募成员、筹措军资、思想传播等方面扮演重要角色。如余清芳以油香费、修缮、建醮之名义筹募军资等观点至今仍有争议。事实上，大部分资金并非来自西来庵信徒的捐献，而台湾总督府指控余清芳等人透过西来庵的扶乩仪式散播「神诏」（神示），预言1915年日本对台湾的殖民统治一定会结束，但是档案资料中找不到任何和这些指控相关的线索，西来庵所出版的善书《警心篇》里也没有抗日思想。
噍吧哖事件後，西来庵难脱关联，於1915年8月遭日本政府拆毁。原来的屋顶、柱子等被用来重修今日台南市安平路主祀福德正神的神兴宫，供桌、烛台等则送给主祀东岳大帝的岳帝庙。
大约1946年，信徒募资在牛磨後（正兴街50号）重建庙宇，1992年因道路拓宽而拆除，暂奉於正兴街27号。2001年迁建到大兴街，扩建成一座颇具规模的庙宇。
新庙里供奉着没有被烧毁的刘府帝君神像，以及第二次世界大战後所刻的五帝神像，也保存有原来西来庵的两个石柱。为纪念噍吧哖事件，新西来庵里挂有余清芳等人的照片，墙壁上也有描绘噍吧哖事件的彩色浮雕。
西来庵主要的祭典日期是农历3月3日宣灵公刘元达诞辰、农历5月5日五福大帝得道昇天纪念日。
中文关键字： 瘟神 , 噍吧哖事件 , 余清芳 , 扶乩
英文关键字plague gods , Ta-pa-ni Incident , Yu Qingfang , spirit-writing
参考资料
延伸阅读