据慈云寺钟亭内於大正十一年（西元1922年）所铸的铜钟上「钟铭」记载：「海拔八千尺，秀灵气所锺，红霞天日丽，古木郁葱葱。大正四年春，默仙永平翁，仗锡登此山，爱说似灵鹫。此山真圣境，此处建梵宫，一茎草所拈，帝释奏其功。皇帝慕师德，恩赐释迦佛，本尊迎灵体，慈光照万物。今慈壬戌岁，众信铸梵钟，上报四恩德，下开三有懵。冀国威越炽，常道遐无穷，法轮常转处，万古迎祖风。大正十一年岁次壬戌穷腊，现住比丘朴龙谨撰。」
由此可知，慈云寺创建於大正四年（西元1915年）春，也就是民国四年。而开山者即是文中所述的「默仙永平翁」，「默仙」是当时日本曹洞宗大本山永平寺的馆长，全名叫日置默仙，「永平」则是取永平寺负责人之意。民国八年（西元1919年），由日本比丘坪井仆龙任该寺第二任住持，於大正十一年铸造铜钟并撰写〈钟铭〉。
慈云寺曾於民国十四年重建整修，至民国三十四年台湾光复後，才正式改名为慈云寺，由俗名叶新金的「宏道法师」前来住持，至民国四十一（西元1952年）宏道法师转任彰化二水碧云寺，後由宏净法师接任，但宏净法师若干年离去後，慈云寺一度荒废，直到民国五十七年（西元1968年）才由所属的林业局，聘请曾於民国五十四年（西元1965年）世界华僧大会时参访慈云寺的江苏籍「伦参法师」前来住持。但伦参法师在香港另有道场，实际寺务由其弟子照性、照智尼师共同负责，直至民国六十五年（西元1976年）照性尼师才正式接掌住持，至民国八十五年（西元1996年）照性退位才由照智尼师接任迄今。
慈云寺主要建筑为大雄宝殿，是日本仿唐式建筑，正中高悬的「万德庄严」，匾额下供奉的是本师释迦牟尼佛，胁侍左右仍是阿难与迦叶尊者。两旁另分立文殊、普贤菩萨。
另外寺中有一尊高不过盈尺，立姿，双手掌口向外，似施无畏印，全身金黄，可能是纯金打造的千年古佛，据知是泰国皇室送给日本裕仁天皇的礼物，而日本天皇有监於台湾阿里山比日本的富士山还要高，便把这尊千年古佛供奉在慈云寺中，极其珍贵。?
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