至日据时期，由於岸埔有竹林，日军小型潜艇可躲藏在龙水港河域，当时正值二战，美军轰炸机沿河轰炸，李府供奉神明的公祠被炸毁，所幸当时太子爷神像由信徒轮流请回供奉，只有李府王爷等部份神像受损。之後，由李氏家族长老李文寿倡议重建庙宇，由李子贡捐田地50坪建庙，才在民国三十九年（西元1950年）竣工完成，正式定名为「化龙宫」。民国四十八年（西元1959年）再由曾林越妹募款增建两旁偏殿迄今。而早期的太子爷公祠的遗址约在现今庙址的东北方约100公尺处，今已难寻。
而现今化龙宫除主祀的中坛元帅开基金身（大太子）外，还奉祀二太子、三太子、副大太子、副二太子、副三太子，但大太子金身是否为先祖渡台所携带的原尊，已无法考证，不过现存的神农大帝及马夫、神马金身则确为李氏先祖渡台时所携带的原尊。
而每年农历的九月九日中坛元帅圣诞期间，三凤宫的哪吒太子必在农历九月七日上午9点前，回到化龙宫谒祖，再奉请化龙宫太子爷（镇殿二太子）前往三凤宫看大戏，之後在九月十日上午9点再将太子爷奉请回宫安座。而同样是由化龙宫分灵的全台各地大小宫庙亦同，都会组团前来化龙宫进香谒祖。?
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