1922年发现基督宗派不合圣经教导，便开始脱离原先的教派，跟随圣经中初期教会的榜样，在福州开始了第一处地方教会。他反对基督教传统，坚决丢弃不合乎圣经真理的教训与实行，在接下来三十年中，在中国各地建立了许多处地方教会。他在真理上承继前代圣经教师的丰富，进一步传扬更深的信息，诸如基督钉死与复活的主观真理、属灵生命的原则、基督的超越、以及神永远的计画等。特别是在召会与基督身体的建立上，他的同工李常受弟兄说：「他该被视为今时代神圣启示的先见。」1949年政权转移前，倪柝声派遣同工李常受到台湾开展，自己则留在大陆，1952 年即被监禁於上海提篮桥监狱直到去世，倪之妻张品蕙亦在文革中遭受迫害，两人终未有儿女。1972年6月1日倪病逝於安徽广德县白茅岭监狱，享年六十九岁。倪虽殉道，但今天许多国家的基督徒依然从他的着作得着属灵的启示和丰富的供应。地方召会在李常受带领下，在全球已有几千处的教会。其重要着作有《属灵人》、《正常的基督徒生活》、《工作的再思》、《主工人的性格》、《人的破碎与灵的出来》等。
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