芝山岩是台湾地区最早被发现的史前文化遗址，包括了大坌坑文化、芝山岩文化、圆山文化和植物园文化，这说明了台北盆地各史前时期的人类，都利用过芝山岩地区居住、活动。之後历经清朝汉人移垦，康熙年间，到士林开垦的居民主要以福建省漳州府移民为主，当时以「圆山仔」来称呼芝山岩，後来又觉得这座林木苍郁的小山很像漳州故乡的名胜「芝山」，才将它改名为「芝山岩」。至嘉庆到同治年间，漳泉移民为了争夺水利、商业利益，因而械斗频繁，所以在咸丰9年（西元1859年），当地人就把在械斗中丧亡的漳﹑泉百姓合葬於山顶上，即为现在的大墓公「同归所」。到了日据时期，日本政府为了贯彻殖民政策及政令宣导，便在芝山岩成立台湾第一所「国语（日语）传习所」，但在光绪22年（西元1896年）元旦，台北地区居民集结抗日，传习所六位日籍老师遭抗日民众杀害，即为着名的「芝山岩事件」，日本政府便在芝山岩树立「学务官僚遭难之碑」来纪念六位老师，并在山顶修建祭祀场、神社，将芝山岩塑造成全台湾日本教育者的精神中心，广设学校，所以当时芝山岩遂成为台湾教育的渊源地。因此芝山岩自清朝到日据时代保留了许多珍贵的历史遗迹，如惠济宫、同归所、西隘门、学务官僚遭难之碑等，走入芝山岩，就如同进入时光隧道般，不仅如此，这里有大部分都是军事管制区，所以充满了岗哨、炮台，甚至弹药库的遗迹，这些军事设施，如同前线战地般星罗棋布。
而芝山岩也曾被先民保护并列为天然纪念物、风景保安林等，限制开发的结果，保留了许多巨木、老树，使芝山岩的植物具有多样性，拥有许多特殊的植物景观，如黄叶景观和缠勒现象等，且可从现存的种类来验证台北盆地生态环境的变迁。所以走在芝山岩自然步道内，到处都充满了植物、地形、化石、石碑、古蹟、古墓，许许多多有趣的东西散部於小山的各处。而芝山岩自然步道的新式高架栈道，更是芝山岩步道的特色，而这样的做法，是为了避免游客对这里地表的破坏， 也强调是「无障碍」步道，且每隔一段距离，都立有小型解说牌，介绍这里重点植物和生态环境，所以感觉像是深山中的高速公路一样，让人与自然有些近却也不会太近，在能享受到自然美景的同时，也不至於破坏自然的环境。?
参考资料