太阳的本身也是一个很大的磁场，磁力线由北到南再延申至太空之中。因为太阳赤道和南北极的自转速度不同，磁力线在跟着太阳自转的情况下就会变成赤道快於二极的情况。如图1。长时间下来这些磁力线就会越拉越长。造成太阳磁力线的纠结与缠绕。如图2。
太阳内部的扰流会因为磁力线的纠结，浮出太阳的表面，形成太阳黑子。而磁力线会越拉越长，最後被扯断。因为磁力线横跨南北，所以黑子也会南北对称的出现。黑子的出现也会有周期性，平均是11~13年会出现一次高峰。而黑子大量出现的时候，出现磁暴及闪焰的机率也会大增。
因为太阳表面温度大约是6,000度，而黑子的温度大约是摄氏4,000度，比较起来低了许多，所以呈现出较暗的颜色，也才会称为黑子。