民国98年（西元2009年）8月2日，於菲律宾东边约1000公里（620英里）处形成。
在8月5日20时30分，台湾交通部中央气象局开始发布台风警报，并将莫拉克升格为中度台风。
在8月6日14时00分，已经形成台风眼，持续增强。14时30分，中央气象局首次发布「超大暴雨特报」。
8月7日於23时50分由花莲县登陆，台湾本岛所有县市停止上班、停止上课。8月8日14时由桃园县出海，已造成屏东县发生严重水患。
8月9日发现高雄县小林村小林部落遭土石流掩埋而展开救援，台东县知本温泉区金帅饭店倒塌。
在8月10日05时30分，中央气象局解除台风警报并持续发布豪雨特报。嘉义县阿里山乡降雨量破3000毫米。
在8月11日凌晨减弱为热带性低气压。
莫拉克台风侵袭台湾时，恰为1959年台湾史上最严重水患「八七水灾」50周年，且在8月8日时在中南部多处降下刷新历史纪录的大雨，两天累积雨量最高在三地门乡，共2500多毫米，为台湾自民国48年（西元1959年）八七水灾以来最严重的水患，亦称「八八水灾」。
而截至9月8日为止，已至少造成619人死亡、76人失踪，引发台湾多处水患，包括林边、佳冬两乡遭大水淹没，淹水最深达两层楼高。崁顶、东港、新园、南州、新埤亦有多处地区淹水，更造成连接高雄县林园乡与屏东县新园乡的双园大桥，遭高屏溪大量冲刷导致桥墩断裂。更引发土石流，山区乡镇六龟乡、甲仙乡、那玛夏乡与桃源乡因洪水与土石流冲断联外多处道路，不老温泉、茂林国家风景区、宝来温泉与六龟风景区等受创严重，尤以甲仙乡小林村有169户、398人已遭到土石活埋、那玛夏乡民族村及六龟新开等部落几近灭村。所造成的农业损失超过新台币164亿元，仅次於贺伯台风，但却是台湾气象史上伤亡最惨重的侵台台风。?
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