马千乘冤死于狱中后，朝廷仍保留了他家石砫宣抚史的世袭职位。而这时马家的继承人马祥麟年龄尚幼，朝廷鉴于秦良玉作战有功，文武兼长，所以授命她继任了丈夫的官职。
秦良玉化悲痛为力量，毅然接过丈夫遗留下来的干斤重担，来完成丈夫未竟的事业，继续训练白杆兵，管理石砫民众，尽心尽力，尽职尽责。
明神宗万历末年，满人崛起于东北的白山黑水之间，以努尔哈赤为汗，建立后金，公然叛明。明神宗调集八万大军征边应敌，却不料出师不利，八万大军几乎全军覆没。
辽东情势危急，直接威胁着大明之都北京城的安全。朝廷急调全国兵马赴援，秦良玉此已经46岁了，仍然亲自率领3000名白杆兵，连同自己的哥哥、弟弟、儿子，日夜兼程北上卫边，为国效力。
到了万历四十八年，秦良玉的白杆兵已与后金军队打了几场硬仗，大大挫伤了后金兵的锐气。这时，明神宗驾崩，明光宗继位，光宗在位仅一个月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝宝座。
前后几个月时间，明廷频繁易主。后金乘虚而进，攻占了沈阳，其气焰十分势猖撅，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏，为了抢回大明损失的国土，强渡浑河与后金兵激战，无奈因寡不敌众，秦邦屏战死疆场，秦民屏身陷重围。秦良玉闻讯后，亲自率领百名白杆兵，渡河杀入重围，拼死救出了弟弟，抢回了哥哥的尸体。其后，朝廷任命秦良玉为把守山海关的主将。
要塞山海关是东北通向内地的必经之路，后金军屡次派重兵前来叩关挑战，秦良玉都不为所激，只命部下加固防守，终使清兵无法得逞。一次，秦良玉的儿了马祥麟带兵巡关时，被敌军的流矢射中一目，他忍痛拔出箭簇，援弓搭箭向远处的敌人射去，连发三箭，射死三个敌人，后金将领大为震惧，从此不敢轻易再来山海关挑衅了。
短短的时间内遭遇了兄亡子伤，秦良玉悲痛欲绝肝肠寸断，于是上书皇帝，陈述了自家军队作战及伤亡情况，明嘉宗深为感动，下诏赐予秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，任命其子马祥麟为指挥吏，追封秦邦屏为都督佥事，授民屏都司金事之职，还重赏了白杆兵众将士。
山海关战事暂时平息了，于是秦良玉率部返回石柱。返回之时，正赴上永宁宣抚使奢崇明起兵叛乱，奢崇明的党羽樊龙占据了重庆，听说秦良玉带兵回到了石柱，马上派人携金银厚礼去与她联络，想请她共同举兵;秦良玉大怒，当即斩了来使，火速发兵，溯江西上赶到重庆，出其不意地打败了樊龙的部队，攻占了重庆。紧接着，她又率兵直赴成都，彻底击毁了叛军势力。朝廷闻报后，授秦良玉为都督佥事，并任命她为石柱总兵官。
当解除了成都之围、秦良玉率领白杆兵骑马进城时，成都的市民纷纷涌上街头，扶老携幼，争睹女将军的风采。这时秦良玉已是五十开外，几十年的戎马生涯，不但没催她衰老，反而把她磨炼得愈加英姿飒爽。只见她端骑桃花马上，面颊红润饱满，两眼炯炯有神，身姿挺拔，气宇轩昂。成都民众将她视为神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜，表达了对这位女救星的无限崇敬之情。
数年之后，贵州水西一带再起事端，有一个叫安邦彦的匪首，在这里自立为罗甸王，招兵买马，很快占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆军人黔平乱，秦良玉雷厉风行，很快就消灭了安邦彦集团，但在这场战争中，秦良玉得弟弟秦民屏战死了，秦良玉再一次遭受了痛失亲人的打击。
明天启七年，明熹宗驾崩，熹宗之弟朱由检继承皇位，史称明思宗，即崇祯皇帝。此时的后金，已经改国号为清。清兵趁朝廷改帝之机，由蒙古人作向导，从龙井关越过长城，直奔向通州，京师形势十分急迫。明朝廷再次诏天下诸军镇边勤王。秦良玉接旨后，带领她的白杆兵，日夜兼程赶往京师，并拿出自己的全部家产作为军饷，以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。
狭路相逢勇者胜。秦良玉的白杆兵与清兵在京师外围相遇，还没来得及安营扎寨，就开始了全面进攻。年已55岁的秦良玉，手舞白杆长矛，好似瑞雪飞舞、梨花纷飘，锋刃所过之处，清兵不是头落地就是手脚分家。所有白杆兵将士，无不以一当十，如猛虎下山勇不可挡，打得清兵望风披靡落荒而逃。很快，秦良玉接连收复了泺州、永平，解救了京城之围。
北京围解之后，崇祯皇帝大加感慨，特意在北京平台召见秦良玉，优诏褒美，赏赐彩币羊酒，并诰封一品夫人，加封少保、挂镇东将军印。并赋诗四首以彰其功：
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其一：学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
其二：蜀锦征袍自裁成，桃花马上请长缨。世间多少奇男子，谁肯沙场万里行!
其三：露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。
其四：凭将箕帚扫胡虏。一派欢声动地呼。试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
崇祯皇帝有生之年，享国日浅，遭逢多难，很少有闲情逸致吟诗作赋，除赠秦良玉诗外，仅有赠杨嗣昌的五绝诗传世。如此之殊荣，足可见秦良玉之丰功伟绩。
史载秦良玉率部进京后，“驭军严，秋毫无犯”，“都人闻白杆兵至，聚观者如堵，马不能前。”如今北京宣武门一带的四川营胡同，就是她北上勤王屯兵遗址(门上刻“蜀女界伟人秦少保驻兵遗址”十二大字)。
秦良玉不仅擅长带兵打仗，而且十分注重军需的生产。如今北京四川营胡同附近，还有十几条“棉花胡同”，分头条、上二条、下二条等名称。这也与秦良玉有关。她在北京驻扎期间，曾令部下与女眷纺棉织布，故而附近的一些胡同就被后人呼之为“棉花胡同”。清代曾有人写《四川营吊秦良玉驻兵遗址》一诗咏道:“金印夙传三世将，绣旗争认四川营。至今秋雨秋风夜，隐约钲声杂纺声。”
