1970年代曾创作校园民歌「抓泥鳅」、「归去来兮」等脍炙人口的歌曲。1978年於中美断交之际，创作爱国歌曲「龙的传人」，由歌手李建复演唱，传遍华人地区。1983年创作电影主题歌「酒矸倘卖无」、1984年推出「新鞋子旧鞋子」，1988年创作「三十岁以後才明白」。
1983年，侯德建前往中国大陆找寻创作灵感，却也因而触犯政府禁令。1989年大陆爆发六四天安门事件，侯德建和知识分子刘晓波等四人组成绝食团绝食抗议，於天安门广场参与「六四学运」。1990年被大陆驱逐出境，回返台湾，向台湾政府自首，并出版书籍「祸头子正传」及同名歌曲专辑。 1992 年开始研究「易经」，1994出版书籍「2001大终结」，并成立春秋影业公司，并与华纳兄弟及台湾优秀的动画制作公司合作，2006年起开始钜资制作电脑动画片「白蛇传」。