故事发生地点在苏州，叙述苏州南濠巨富金贵升娶妻吏部天官张国勋之女张氏（弹词书中称「金大娘」），婚後夫妻却不和睦，一日，金贵升与好友北濠沈君卿出游，途中却不辞而别，独自前往法华庵，与女尼志贞情投意合，遂留在庵中不归，後却病死庵中，志贞产下一子，在襁褓中放入血书一封与金贵升遗物「玉蜻蜓」一只，托佛婆深夜抱还金家，不料佛婆途中因受惊将婴儿丢弃，几经波折，婴儿为苏州知府徐上珍收留，取名徐元宰。後遇金大娘，因貌似金贵升，金大娘收为义子。十六年後，元宰长大成人，得中解元。适金大娘偶见玉蜻蜓上的血诗，让元宰详解诗句，方知元宰为金贵升亲生子，要求徐家归还元宰，与徐家演出「厅堂夺子」。
徐元宰得知自己身世，积极寻找亲生母亲志贞，终於在苏州虎邱山法华庵寻得师太志贞，志贞因身为出家人，酿此大祸，羞与元宰相认，终於敌不过元宰亲情呼唤，母子相认，此即「庵堂认母」，为《玉蜻蜓》重头情节。
书中金贵升一角，一作申贵升，据传为明朝万历时大学士申时行之父，申姓是明清两代苏州大族，因此，清?平步青《霞外捃屑》云：『今吴门申衙前犹禁演《玉蜻蜓》』。因此，艺人演唱时，将「申」姓改为「金」姓。按：笔者曾於1992年前往苏州拍摄弹词《玉蜻蜓》演唱与法华庵相关场景，即被当地信众阻拦，其来有自。
《玉蜻蜓》弹词书目後来发展出许多回目，如《关亡》、《问卜》、《看龙船》、《厅堂夺子》、《庵堂认母》、《文宣荣归》、《三搜庵堂》、《沈方哭更》、《苏婆代死》等，经陈灵犀等人整理加工後，成为代表选回，继陈遇乾、陈士奇、俞秀山之後，传人很多，较着名者有陆士珍、毛菖佩、钱耀山、王秋泉、田锦山、田少山、张云亭、周玉泉、蒋月泉等人。
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