1939年在港都基隆出生。他向来主张：「音乐有国籍，却可以越国界」，对传统的认同与热爱，在马水龙的音乐中表露无遗。一九六四年，师事萧而化教授、主修作曲的马水龙自国立艺术专校毕业，七二年，获西德雷根斯堡音乐学院全额奖学金，便赴德留学，在德国三年时间，师事席格蒙博士，并於七五年以最优异成绩毕业。他也是第一位於林肯中心做整场个人作品发表会的台湾作曲家。
一直以创作本土乐曲为职志的马水龙，打从一开始，就执着於呈现台湾人的精神。。他的作品，虽是西方学院的技法结构，但是曲式和乐器，却常是从本土固有的文化取材，连贯古今、融合东西的多方尝试，塑造自己独特的作品风格，对日後台湾音乐的发展也深具启发性，知名的作品包括：「梆笛协奏曲」、「孔雀东南飞」等。马水龙教授曾两度获得金鼎奖，并获中山文艺创作奖及吴三连文艺创作奖。1991年被载入英国剑桥国际传记中(世界名人录)，及美国传记协会(世界五百名人录)，并於1999年获得第三届国家文化艺术基金会文艺奖。更於2004年获得金曲奖颁发特别贡献奖。