民国三十八年移居台湾，随即进入中广公司服务。民国四十三年，周蓝萍为潘英杰作词的「绿岛小夜曲」谱曲，以台湾景观为背景，并由歌手紫薇演唱，在南洋造成轰动，後又流行回台湾，成为家喻户晓的名曲。
曾於五十年代任职於中国广播公司，担任歌咏团指挥，四重唱的男高音及作曲工作。民国五十二年，进入香港邵氏公司，为导演李翰祥的黄梅调电影「梁山伯与祝英台」作曲及配乐。不但电影风靡一时，周蓝萍写的黄梅调也传唱至今。周蓝萍也以此片获得第二届金马奖最佳音乐奖。民国五十七、八年，再以「水上人家」、「路客与刀客」获得金马奖电影配乐奖。
民国六十年，周蓝萍为电影「红胡子」配乐，由於工作劳累引发急性盲肠炎，後溃烂成腹膜炎，手术时又引发原有的心脏病，终告不治。
创作歌曲计有：「绿岛小夜曲」、「愿嫁汉家郎」、「家在山那边」、「昨夜你对我一笑」(余光中词)、「回想曲」、「一朵小花」、「月光小夜曲」、「姑娘十八一朵花」、「山前山後百花开」、「粱山伯与祝英台」、「山歌姻缘」、「我有一分怀念」。曾为胡金铨的「大醉侠」配乐，为国联公司的「七仙女」、「状元及第」、「西施」、「菟丝花」、「凤阳花鼓」等影片作曲。并为「凤还巢」、「花木兰」、「杨乃武与小白菜」、「山歌姻缘」制作插曲。