过去，郑经在金门、厦门沿海战败时，退守台湾，一时间抑郁失志，无心政事，就筑园造庭，作为在台湾的行馆。至康熙29年（西元1690年）， 当时的台湾镇总兵王化行及台厦道王效宗，因见北园别馆辽阔幽静、竹林苍郁，是所谓「三宝地」，极适合兴筑寺宇，而台湾当时又没有大型佛寺古刹，於是决定改别馆为佛寺，以彰显大清盛世。修竣後，取名「海会寺」，又称「开元寺」。
开元寺三川门正前方有两棵菩提树，象徵正觉，两侧边门和侧窗上，分别有竹叶体、篆书、隶书三种不同字体的对联，边门以竹叶状笔画书写而成的竹叶体对联，是台湾着名书画家林朝英遗墨，字底并饰以绿色竹叶图案。
最後一进的「大士殿」的功德堂，堂内有一口古井，听说郑经取水泡茶都是用这口井，所以被称「郑经井」。寺庙右侧有老榕枝叶蔽天，树旁种有七弦竹，七弦竹特徵是细长有节，略呈黄绿色，茎上有七条绿纹，有如琴弦，由於深为郑成功夫人董氏所锺爱，故自河南卧龙岗植移而来。七弦竹旁，有写着「诗魂」的石碑，碑上刻曰：「位於七弦竹旁，诗魂碑下埋藏日治时代酉山诗社十余年忧时忧民，痛异族侵凌之诗稿，当时正临中国发生九一八事变之际，诗社社友恐因文字贾祸，所以埋诗立碑於此。」