建安九年(204年)，曹操攻克邺城，领冀州牧。有人对曹操说：“宜复古置九州，则冀州所制者广大，天下服矣。”曹操将要从之，荀彧却反对，曹操从之。
居中持重
当时荀攸为曹操谋主，荀彧与荀攸分主内外，都是地位显贵。荀彧将所赐之物皆散给族人和朋友，家无余财。曹操还将安阳公主许荀彧长子荀恽为妻。
建安十年(205年)，河东叛乱，曹操让荀彧举荐贤才，荀彧曰：“西平太守京兆杜畿，勇足以当难，智足以应变”。曹操遂让杜畿为河东太守。杜畿到任后，平定叛乱，广施仁政，在任十六年，政绩获誉天下第一。
建安十二年(207年)三月，增荀彧食邑千户，前后共计二千户。还要授以三公(当时以太尉、司徒、司空为三公)之职，荀彧使荀攸推辞十几次才作罢。
建安十三年(208年)，曹操准备讨伐刘表，问计于荀彧，荀彧说：“今华夏己平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意”。曹操南征，八月，刘表病死，曹操遂得荆州。
未能其志
建安十七年(212年)，曹操欲进爵国公、加封九锡(九锡是古代帝王对大臣的九种赏赐，有车马、衣服、乐器、武士、弓矢等，这是对大臣的最高礼遇)。荀彧认为：“(曹公)本兴义兵以匡朝宁国，秉忠贞之诚，守退让之实;君子爱人以德，不宜如此”，因此惹怒了曹操。
同年，曹操征孙权，让荀彧到谯县劳军，荀彧到达以后，曹操乘机把他留在军中。封荀彧为侍中、光禄大夫，持节，参丞相军事。曹操军至濡须，荀彧因病留在寿春(今安徽寿县)，不久忧虑而死(关于荀彧的死，史书上还有这样的说法：当时曹操赠送食物给荀彧，荀彧打开食器，见器中空无一物，因此被迫服毒自尽 ) ，时年五十岁。谥敬侯。其子荀恽嗣，后官至虎贲中郎将。 次年，曹操进封魏公。
咸熙二年(265年)，追赠荀彧为太尉。
历代评价
汉末三国
何颙：“①王佐才也。”“②颍川荀彧，王佐之器。”
曹操：“①吾之子房也。”“②侍中守尚书令彧，积德累行，少长无悔，遭世纷扰，怀忠念治。臣自始举义兵，周游征伐，与彧戮力同心，左右王略，发言授策，无施不效。彧之功业，臣由以济，用披浮云，显光日月。陛下幸许，彧左右机近，忠恪祗顺，如履薄冰，研精极锐，以抚庶事。天下之定，彧之功也。宜享高爵，以彰元勋。”“③荀文若之进善，不进不止;荀公达之退恶，不退不休。”“④与君共事已来，立朝廷，君之相为匡弼，君之相为举人，君之相为建计，君之相为密谋，亦以多矣。”““⑤二荀令之论人，久而益信，吾没世不忘。””
潘勖：“夫其为德也，则主忠履信，孝友温惠，高亮以固其中，柔嘉以宣其外，廉慎以为己任，仁恕以察人物，践行则无辙迹，出言则无辞费，纳规无敬辱之心，机情有密静之性，若乃奉身蹈道，勤礼贵德，动咨事间，匪云予克，然後教以黄中之叡，守以贞固之直，注焉若洪河之源，不可竭也，确焉若华岳之停，不可拔也，故能言之斯立，行之斯成，身匪隆污，直哉惟情，紊纲用乱，废礼复经，於是百揆时序，王猷允塞，告厥成功，用俟万岁。”
陈群：“荀文若、公达、休若、友若、仲豫，当今并无对。”
钟繇：“夫明君师臣，其次友之。以太祖之聪明，每有大事，常先谘之荀君，是则古师友之义也。吾等受命而行，犹或不尽，相去顾不远邪!”
曹植：“如冰之清，如玉之絜，法而不威，和而不亵，百寮士庶，唏嘘沾缨，机女投杼，农夫辍耕，轮给辄而不转，马悲鸣而倚衡。”
司马懿：“书传远事，吾自耳目所从闻见，逮百数十年间，贤才未有及荀令君者也。”
鱼豢：“彧折节下士，坐不累席。其在台阁，不以私欲挠意。”
两晋南北朝
傅玄：“或问近世大贤君子，答曰：荀令君之仁，荀军师之智，斯可谓近世大贤君子矣。荀令君仁以立德，明以举贤，行无谄赎，谋能应机。孟轲称‘五百年而有王者兴，其间必有命世者’，其荀令君乎!”
陈寿：“彧清秀通雅，有王佐之风，然机鉴先识，未能充其志也。”
王导：“昔魏武，达政之主也;荀文若，功臣之最也。”
王羲之：“荀、葛各一国佐命宗臣，观其辙迹，实奇士也。然荀获讥于忧卒，意长恨恨，谓其弘济之心，宜被大道;诸葛经国达治无间然，处事而无玷累，获全名於数代。至於建鼎足之势，未能忘已，所谓命世大才，以天下为心者，容得尔乎?”
裴松之：“世之论者，多讥彧协规魏氏，以倾汉祚;君臣易位，实彧之由。虽晚节立异，无救运移;功既违义，识亦疚焉。陈氏此评，盖亦同乎世识。臣松之以为斯言之作，诚未得其远大者也。彧岂不知魏武之志气，非衰汉之贞臣哉?良以于时王道既微，横流已极，雄豪虎视，人怀异心，不有拨乱之资，仗顺之略，则汉室之亡忽诸，黔首之类殄矣。夫欲翼赞时英，一匡屯运，非斯人之与而谁与哉?是故经纶急病，若救身首，用能动于嶮中，至于大亨，苍生蒙舟航之接，刘宗延二纪之祚，岂非荀生之本图，仁恕之远致乎?及至霸业既隆，翦汉迹著，然后亡身殉节，以申素情，全大正於当年，布诚心於百代，可谓任重道远，志行义立。谓之未充，其殆诬欤!”
范晔：“①自迁帝西京，山东腾沸，天下之命倒县矣。荀君乃越河、冀，间关以从曹氏。察其定举措，立言策，崇明王略，以急国艰，岂云因乱假义，以就违正之谋乎?诚仁为己任，期纾民于仓卒也。及阻董昭之议，以致非命，岂数也夫!世言荀君者，通塞或过矣。常以为中贤以下，道无求备，智算有所研疏，原始未必要末，斯理之不可全诘者也。夫以卫赐之贤，一说而毙两国。彼非薄于仁而欲之，盖有全必有丧也，斯又功之不兼者也。方时运之屯邅，非雄才无以济其溺，功高势强，则皇器自移矣。此文时之不可并也。盖取其归正而已，亦杀身以成仁之义也。”
“②公业称豪，骏声升腾。权诡时逼，挥金僚朋。北海天逸，音情顿挫。越俗易惊，孤音少和。直辔安归，高谋谁佐?彧之有弼，诚感国疾。功申运改，夡疑心一。”
