另一个重要差别是元朝原来制定的有“南北差异”的法律，蒙古人和汉人在法律制定上开始就是不平等的。如；汉族人同蒙古族斗殴，汉人打死蒙古人要处死，而汉人被打死，蒙古人只需充军出征，这只能增加民族仇恨和反抗的怒火。
因此元朝在中原的政策形成了两层皮，表面的法律和实际的暴力，加上元朝统治只有八十年，时间过短，使之民族不能融合，这直接导致了汉族在基层以各种方式酝酿反抗，政治谣言、私下串联比比皆是。蒙古贵族为了防止反抗，甚至有规定几家共用一把菜刀的荒唐事情，但越是这样民族反抗的决心越大，民间的隐蔽议事越多，有元一代，民族起义就没有断过。
朱元璋是以布衣起家，他对民间的活动了如指掌，知道民间力量的强大，并且朱元璋就是以此兴业的，所以投鼠忌器，很害怕在他执政时期也由于民间的反抗而翻船。在朱元璋自身的经历中，在郭子兴军中由于多次险遭暗害，使朱元璋的警惕性和疑心，随着权力成正比增加。
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而他的布衣出身，证实了古来“将相宁有种乎？”的正确性。自己是从平民爬到皇位，那别人在理论上也有机遇爬到自己的位子，出身的自卑、担心朝臣的出卖、危险的无处不在以及皇权的巨大诱惑，这一切使朱元璋从消极的一面接受了元朝的教训，不择手段的残酷镇压可能的任何反叛力量。
明朝建立以后，明朝的政治制度开始时沿袭元朝旧制，中央设置中书省，左右丞相。但朱元璋由于接受消极教训，感到元制的中书省权力过大，洪武九年废中书省，设立分置的布政司，执行权还归布政司，而决策权收归朱元璋。在政治上继续集权的同时，朱元璋军事上开始分权，改原来的一个大都督府为后来的五个大都督府，军队分而治之而形不成反抗力量。同时建立一套特务机构，直接归朱元璋统辖，在军政两套系统之外又建立了第三套监视机构，使军、政、特相互监视，相互制约，欲至天下人于股掌之中。
因为吸收了各个朝代灭亡的经验教训，所以朱元璋设立锦衣卫这个机构，专门搜集各种情报，力求保住自己的位置。
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