但随着时间的推演，倭寇一词所指的，不一定都是来自日本的海盗，在张廷玉所著《明史·第二百一十卷外国三》里就记载“大抵真倭十之三，从倭者十之七”，即真正的日本海盗大概只占三成;而朝鲜正史《世宗实录》亦记载“然其间倭人不过一二而本国民假著倭服成党作乱”。也因如此，戚继光更被人视为“屠杀因为明朝海禁而被迫为盗的明朝平民”的刽子手。
今年年初，《中国国家地理》以《倭寇，一个王朝的谎言?》为题，认为“虽然戚继光打过99次胜仗，杀过成千上万的人，但查遍了史书，却没有找到戚继光杀过一个日本人的记录。他杀的都是中国人，但他却成了民族英雄，甚至有人说他比岳飞和文天祥还伟大。其实戚继光杀的是中国沿海那些被海禁政策逼得走投无路而被迫起义的人，他们是海商、渔民，或者是从事与海上贸易相关产业的人。”这引起了广泛的讨论。事实真相如何，尚需学术界进一步研究和探讨。
张居正死后，戚继光立即从壮年的辉煌落入晚年的凄凉。1588年1月，戚继光在贫病交迫中死去，他的墓志铭是“蜡日，鸡三号，将星殒矣”。
对这个复杂的人物，《明史》即说戚继光与俞大猷“均为名将，操行不如而果毅过人”，意思是戚继光的操行不如俞大猷，却比俞大猷更加果毅过人。他的一生中充满了“难于解释”的谜团。
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