咸丰皇帝在驾崩前，苦思冥想，做了他认为最妥善的安排。他挑选了八位顾命大臣，辅佐年仅6岁的小皇帝;同时赐予慈禧慈安，一人一枚印章，八位大臣草拟旨意，两宫太后同时加盖印章，才能够最终生效。咸丰皇帝希望他们之间相互牵制，任何人都不至于独揽政权。然而，事情真的像他想象的这么简单吗?
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从咸丰的安排看，政治上最后的生死，似乎把持在两宫太后的手中。然而，母凭子贵的懿贵妃虽然荣升为慈禧皇太后，但是，当时她只有27岁，孤儿寡母，在朝中并无亲信，也没有持者，处于孤立无援的状态。以肃顺为首的八大臣专璜跋扈，根本不把她放在眼里。咸丰死后，肃顺不顾礼制，常常穿着便服，在热河行宫大殿上肆无忌惮。遇到太后，肃顺一点也不避讳，还常常趾高气扬地许诺，回京后，我会好好奉养两宫皇太后的。
听肃顺的口气，仿佛他己经大权独揽，想怎么对两宫太后，全凭他一句话。慈禧变得胆颤心惊，照这样发展下去，肃顺等人架空小皇帝、独揽朝政只是时间问题。该怎样抗衡八大臣的强权，又该怎样保证她们孤儿寡母的安全，慈禧急切地想找到能帮助自己的人。这时，一个人走进了她的视野，他就是恭亲王奕訢。慈禧派亲信偷偷送出密诏，联系在北京驻守的奕訢，请求他的帮助，铲除肃顺等八大权臣。奕訢与慈禧虽然是叔嫂关系，在此之前，二人只是在家宴上见过几面，并不熟识。慈禧为什么挑选了奕訢，而奕訢又会不会帮助慈禧呢?
奕訢是咸丰的 同父异母的弟弟，有胆识、有气魄，然而在皇位之争上，败给咸丰，成为恭亲王。咸丰在位时并没有重用奕訢，奕訢空有抱负，没有施展的空间，甚至在咸丰挑选的八大顾命大臣中也将奕訢排除在外。郁郁寡欢的奕訢䜣，接到嫂子慈禧的救援密诏，非常惊喜，他感激慈禧这样信任他。于是，果断行动，火速赶到热河，与慈禧秘密商议铲除八大臣计划。
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1861年11月1日，两宫皇太后跟随咸丰皇帝的灵柩回到北京，刚一到北京，慈禧和慈安利用手中的两方印章，颁布懿旨，除去八位顾命大臣的职位，同时下旨，颁布肃顺等人专横跋扈的罪名，下令奕訢将肃顺等八大臣抓捕归案。很快，八大臣就被赐死或流放。慈禧和奕訢叔嫂二人以最快的速度，上演了一出惊心动魄的夺权大战。从此开启了慈禧“垂帘听政”的时代。
在帮助慈禧铲除肃顺集团后，奕訢从以前不被重用的亲王，一下子成为了朝廷的重臣，成了一言九鼎的议政王兼首席军机大臣。在不到四年的时间里，奕訢平步青云，只要奕訢上的折子，慈禧都会批上“依议”两个字，表示全都同意。而同时，一些流言蜚语也传开了。清同治年间，恭亲王奕訢上了一道折子，请奏设立同文馆，也就是要开办一所外国语学校，聘请外国人作为老师，不仅学习英语、法语、俄语等外国语言文字，还增设天文、算学等西方自然科学。慈禧看了奏章，照样批复“依议、钦此”。一时间舆论哗然，朝中以“天朝大国”自诩的王公大臣们，认为奕訢离经叛道，他们上了一道又一道奏折，弹劾奕訢䜣。面对弹劾，奕訢理直气壮，他和大臣们展开激烈辩论。他说：洋人坚船利炮，先进之处，我们必须了解，知其虚实，才能自强。
莫不如此，近年尚可苟安，数十年后，大清将无可御敌之力。奕訢侃侃而谈，老臣们虽然说不过他，但是人多势众，又都是朝中重臣，双方争执不下，都请慈禧太后定夺。慈禧呢，最终将主要的反对大臣倭仁的折子，交给总理衙门动议。总理衙门的负责人是奕訢，等于是将此事的处理权交给了奕訢，第二天，奕訢在总理衙门恭候倭仁，寒暄之后，奕訢不提弹劾之事，反倒给倭仁派了一个差事，让倭仁举荐能教天文算学的中国人，以便免聘洋人。奕訢还说，以后朝廷与洋人交涉，尽由你酌办。倭仁一听傻了眼，果真如此，对固执的倭仁而言，简直生不如死。于是，倭仁以年老为名，请求辞官回乡。没想到，慈禧听了倭仁的请求，说了两个字“不准”。
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倭仁没有办法，去总理衙门上班的头一天，倭仁就故意坠马，摔伤了足踝，以此向总理衙门告了长假，此事才算是最终解决。同治初年，慈禧对奕訢的信任和倚重都在任何人之上，叔嫂配合默契，让大清朝有了同文馆，有了安庆军械所。虽然规模不大，洋枪洋炮数量有限，但清末也出现了短暂兴旺的局面。
大概是因为关系亲密，在野史中，一直流传慈禧和奕訢这对叔嫂关系暧昧。关于这一点，专家认为，在正史中没有任何这方面的记载。在等级森严的皇宫中，是不可能出现这种有悖伦理的事情。那么，慈禧与奕訢的关系，是不是像传说中说的那么好呢?
清朝同治12年，17岁的同治皇帝终于亲政了，两宫太后暂时告别政坛。很快，同治皇帝发现他的母亲，对权力充满欲望的慈禧，变得空虚落寞，经常管大臣们要奏折看。为了不让母亲再管政事，同治皇帝提出要重修圆明园，希望母亲在圆明园颐养天年，自己就可以摆脱限制了。很快，同治皇帝就向大臣宣布了重修圆明园的旨意，并责令户部尽快拨款开工，奕訢一听坚决反对重修圆明园。当时清政府正面临内忧外患，处处都需要用钱，那里还有钱去重修圆明园呢?同治不听劝谏，一意孤行，奕訢就请慈禧劝说同治，并劝说慈禧要以国事为重。
慈禧贪图享乐，也一心想重修圆明园，面对奕訢的劝谏，慈禧非常反感，并在心里开始盘算，如何趁机除掉奕訢。慈禧表面上不动声色，表示对奕訢的禀报虚心接受，实际上她并未规劝同治皇帝，反而赞许同治孝顺，大肆批评了奕訢的居心叵测。就这样，重修圆明园的计划被继续推进着。第二年，由于购买修建木材，出现了一起特大贪污腐败案，朝廷损失了二十多万两白银。奕訢知道后，十分着急，再次出面阻止重修圆明园。奕訢带领反对重修圆明园的大臣们联合上书，对皇帝提出：停园工开言路去玩好等八个要求。