因为张伯行的工作出色，他被授以山东济宁道之职。但是他刚上任，济宁便遇上了灾荒，张伯行又开始忙于救灾，他千方百计地从家乡运来粮食、棉衣，救济百姓。在接到皇帝下达的救济批示后，张伯行立即动用仓谷赈济灾民，仅汶上、阳谷二县，就动用了26000余石。
事后，山东布政司指责他擅自动用仓谷，要奏请朝廷将张伯行革职。张伯行不为所惧，慷慨陈词：“皇上有旨赈灾，不能说是擅自动用。再说是应以仓谷为重呢，还是人命为重?”答案不言而喻，布政司只好宣布免予处罚。
康熙四十五年，张伯行把自己多年治河的心得汇编成书，取名《居济一得》，恰逢康熙南巡，发现张伯行为官清正廉明，工作出色，是个难得的人才，对大臣说：“朕至江南访问，张伯行居官甚清，此名最不易得”，特地赐予“布泽安流”匾额以示褒奖。
不久之后，张伯行再次升官，擢升为江苏按察使，正式步入高级官员行列。
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逝后从祀文庙 清朝只有三名臣有此待遇
当时的江苏官场，腐败之风盛行，凡是新官上任，都要给总督、巡抚送4000两银子作为礼品，这已经成为了一种“潜规则”。但是张伯行，不吃这一套，他公开表示：“我做官，誓不取民一钱，安能办此!”
不仅如此，正巧当时扬州有六秀才得罪了郡守，抚军为逢迎上官，打算剥夺六秀才的功名，张伯行得知这一情况后，为六秀才据理力辩，最后使得六秀才免遭罪责。在张伯行担任按察使短短两个月的时间里，他的廉惠之名已经传播开来。
虽然老百姓为张伯行叫好，但是他却得罪了他的顶头上司们，也因为这样受到这些人的压制与排挤。
没过多久，康熙再次南巡，降旨让总督、巡抚举荐德才兼备的官员，因为张伯行的廉政得罪人太多，没有官员举荐他。康熙觉得奇怪，便问总督、巡抚：“张伯行居官何如?”皆对曰：“好。”康熙又问：“江南还有如此好官否?”皆曰：“无。”康熙曰：“然则汝等何以不保举之?今朕自保举之。”到了松江，康熙对张伯行说：“朕了解你，他们不举荐你，朕举荐你。将来你要居官而善，做出些业绩来。”康熙当场破格提升张伯行为福建巡抚，并且赐以御书：“廉惠宣猷”匾额及对联诗扇。
张伯行就任福建巡抚之日，见到福州衙署前各种铺陈甚盛，金银器皿，锦绣帷帐，炫耀夺目。为了弄明白这些陈设的来历，他特意召来吏役们询问。当他得知这些东西都是临时由各行户备办时，当即下令予以清退，物归原主。
张伯行在任期间，“大张纪纲，褒廉纠贪墨”，无论职位高低，一经发现，即予查处，毫不手软。因张伯行在任上的表现，以及他的廉政措施，康熙大加赞赏，将他调回江苏，担任江苏巡抚以治理江苏的吏治。
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然而张伯行与总督噶礼不和，常常发生矛盾，噶礼对张伯行处处为难。这种情况下，张伯行向朝廷提出告病还乡，但康熙没有批准他的请求，而是在辞呈上批示：“张伯行操守清洁，立志不移，朕所深悉。江苏重地，正资料理，不得以衰病求罢。”
康熙六十一年正月，张伯行受邀参加了皇帝举办的千叟宴，康熙称赞他是“真能以百姓为心者”。雍正即位后，对张伯行优待有加，提拔他担任礼部尚书，并赐予“礼乐名臣”的匾额。
雍正三年，张伯行病逝，皇帝赐谥号“清恪”，并受到当时朝廷的最高嘉奖，准其从祀文庙。据记载，清代以名臣从祀文庙的，仅张伯行、汤斌、陆陇其三人。
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